Una de las líneas estratégicas del IFAPA es la producción ecológica, fruto del desarrollo y gran potencialidad de este sistema productivo en Andalucía. Por ello, desarrolla diversas líneas de I+D+F, dando un papel relevante a la integración de las actividades de transferencia de tecnología, formación y experimentación en el ámbito de la producción ecológica. Se trata, en definitiva, de convertir a este organismo en un referente del estudio de estos sistemas mediante la generación de conocimientos científicos e información técnica para el sector.