El IFAPA cuenta con grupos de investigación reconocidos por el Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación (PAIDI).
Estos grupos abarcan las líneas de investigación correspondientes a las estrategias de futuro propuestas en el Plan Sectorial 2009 a 2013 del Instituto y de acuerdo con las directrices emanadas del Plan Nacional de I+D+i y el PAIDI de Andalucía.
Las principales líneas de actuación son: Biotecnología, Mejora de Cultivos, Cultivos marinos Economía agraria, Industria agroalimentaria, Producción Agraria, Producción Ecológica, Protección de Cultivos, Recursos Naturales, Recursos Pesqueros, Sociología agraria, Tecnología y Postcosecha.