La Unión Europea fija las normas aplicables a la producción y puesta en el mercado de moluscos bivalvos vivos a través de la Directiva 91/492, estableciendo la obligatoriedad de declarar y clasificar las zonas de producción de moluscos bivalvos, moluscos gasterópodos, tunicados y equinodermos marinos e instaurar un programa de control y seguimiento de las condiciones sanitarias de las mismas. En la actualidad, la Directiva 91/492 se encuentra derogada, siendo el Reglamento (CE) 853/2004, por el que se establecen normas especificas de higiene de los alimentos de origen animal y el Reglamento (CE) 854/2004, por el que se establecen normas especificas para la organización de los controles oficiales de los productos y las condiciones para la puesta en el mercado de los moluscos bivalvos; la nueva normativa europea aplicable en esta materia.

La aplicación de ambos Reglamentos ha implicado la declaración, por parte de la Consejería de Agricultura y Pesca, de zonas de producción por todo el litoral andaluz, mediante la Orden de 15 de julio de 1993. Periódicamente, se ha ido actualizando dicha Orden siendo la Orden de 18 de noviembre de 2008, por la que se modifica la del 15 de julio de 1993, por la que se declaran las zonas de producción y protección o mejora de los moluscos bivalvos, moluscos gasterópodos, tunicados y equinodermos marinos de la Comunidad Autónoma de Andalucía
Desde 1994, la Consejería de Agricultura y Pesca viene realizando el Programa de Control y Seguimiento de las Condiciones Sanitarias de las zonas de producción de moluscos bivalvos, gasterópodos, tunicados y equinodermos. Dicho programa incluye, por un lado muestreos sobre el agua para vigilar la variación de contaminación fecal y del plancton tóxico; y por otro lado sobre los productos de la pesca y la acuicultura, en los que se controla la posible contaminación microbiológica, contaminación por metales pesados, compuestos órganohalogenados, radionucleidos y biotoxinas. Para la realización de todos los análisis necesarios, la Consejería de Agricultura y Pesca habilita el Laboratorio de Control de Calidad y de los Recursos Pesqueros ubicado en Cartaya, Huelva.
Este programa permite la protección de la salud pública, contribuyendo a garantizar la calidad sanitaria de los moluscos recolectados y permitiendo la adopción de medidas preventivas frente a valores anormales de los parámetros controlados.
Por otra parte, desde el año 1998, se inició un plan de vigilancia específico en la zona pesquera de la desembocadura del Guadalquivir. Actualmente se analizan, con una periodicidad semestral, diferentes especies comerciales de peces, moluscos y crustáceos, el contenido en: cobre, plomo, cadmio, hierro, zinc, manganeso y mercurio.
Zonas de producción
Las zonas de producción definidas en el litoral andaluz son de dos clases: