De entre los filósofos jónicos destaca, sobre todo, Heráclito. Y no es su doctrina acerca del primer principio lo más destacado de este autor, sino su pensamiento acerca del papel que la contradicción y el logos tienen en la forma de actuar la naturaleza. Es por esta doctrina que Heráclito es considerado el padre de la dialéctica.

En efecto, de sus aforismos puede deducirse que Heráclito partió de la experiencia del cambio, del devenir.

"No es posible bañarse dos veces en el mismo río, porque nuevas aguas corren siempre sobre ti", dice el autor en uno de sus más conocidos aforismos.

Ahora bien, si lo real es dinámico, cambiante, ¿cómo podemos conocer su estructura?

Para comprender lo real hace falta entenderlo como una estructura contradictoria, pues el dinamismo de lo real es engendrado por el conflicto, la lucha y la discordia."La guerra es el padre de todas las cosas", dice también Heráclito.

Esto no supone que el universo sea caótico, pues precisamente el resultado de esta tensión cósmica es la armonía. Y esto ocurre porque el Logos rige al universo, o lo que es lo mismo una Razón universal y única gobierna a todas las cosas. Ella es la causa de la armonía, pues para este autor "la armonía consiste en tensiones opuestas, similares a las del arco la lira". Y de esta Razón universal participa también el hombre, parte de la naturaleza y sujeto por tanto a la misma legalidad natural.