La Fundación Aguilar y Eslava, por medio de su presidente, Salvador Guzmán,  presentó en 2002 un proyecto de subvención al Grupo de Desarrollo Rural "Subbética" para realizar obras de infraestructura en el Museo de Historia Natural del IES Aguilar y Eslava, acogido al programa Proder de la UE.

Tras su información y tramitación, el Grupo de Desarrollo Rural "Subbética" aprobó en 2005 la concesión de una subvención de 210.000 euros para el citado fin. 

En Marzo de 2006 se firmó el acuerdo de aceptación. El nuevo Museo quedará abierto a la ciudad con un acceso independiente por la Calle Pepita Jiménez y supone el acondicionamiento de sus tres plantas con fines museísticos, para exponer parte de los fondos archivísticos y de Historia Natural que atesora el Museo Aguilar y Eslava, perteneciente a la red de Museos de la Junta de Andalucía.

A finales de Mayo de 2006 han comenzado las obras, bajo la dirección y supervisión del arquitecto D. Javier Muñoz, autor del proyecto. Está prevista su finalización antes de finales de 2006. Posteriormente se acometerá la musealización del nuevo edificio para lo cual se están tramitando las correspondientes ayudas ante la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía.