Cuando ejecutamos Nautilus aparece, si no hemos cambiado las preferencias, el contenido de nuestro directorio personal, si activamos en el panel lateral la vista de árbol, observaremos todas las carpetas del sistema junto a una flecha que podemos pulsar si deseamos que nos muestre las subcarpetas que contiene, de esta forma podemos explorar todos los ficheros almacenados en nuestro disco duro. Si pulsamos sobre cualquier carpeta, se nos mostrará su contenido en la ventana principal de Nautilus.
En el caso de querer explorar una unidad de disco extraible, montado previamente, debemos situarnos en la carpeta /mnt/floppy, si es un disco flexible, o en /mnt/cdrom, si es un disco compacto. En general, el sistema accede a las unidades externas o a las particiones del disco, bajo el directorio /mnt
 |
 |
 |