La variedad de ecosistemas presentes en el parque y sus condiciones edáficas, unido a la mayor o menor proximidad a la costa o a los caños mareales, y a elementos como la salinidad, la fuerza del viento, o el estrés hídrico, modelan una serie de unidades claramente diferentes desde el punto de vista de la flora.
Encontramos, a grandes rasgos, zonas de pinar, principalmente dominadas por pino piñonero acompañado de un sotobosque compuesto por lentiscos, retamas y olivillas y en menor medida jaras y bufalagas, entre otras especies que comienzan a colonizar zonas más despejadas del pinar, como pueden ser los gamones y los narcisos.
En la marisma de Los Toruños encontramos un núcleo de pino carrasco singular por ser el único grupo de esta especie presente en el parque. Debido a la cercanía a la marisma, como parte del matorral acompañante podemos ver, además de lentiscos y esparragueras, algunos salados. Conforme nos acercamos a zonas con mayor influencia de la marisma, pero lejos aún de ella, empezamos a caminar entre sabinares. Para el visitante, puede llegar a ser difícil diferenciar estas zonas de las de lentiscal, aunque, si bien presentan una asociación muy similar de especies, junto con el lentisco es frecuente ver al acebuche, que desaparece por completo en el sabinar, dando paso a algunos pies de coscoja, olivillas y bufalagas.
Tanto en La Algaida como en Los Toruños encontramos lagunas o charcas temporales, enormemente importantes por las comunidades que se desarrollan en ellas. Las comunidades vegetales, al igual que anfibios e invertebrados, dependerán de las lluvias anuales y por tanto de la permanencia del agua en ellas. De especial curiosidad, una de las charcas, situada en las cercanías del pinar carrasco, la cual se encuentra totalmente tapizada por una de las especies de mayor interés: Frankenia boissieri.
Existen otras especies como el cuernecillo de mar, el cardo marítimo o la azucena de mar, esta última catalogada como “casi amenaza” en la lista de la flora vascular de Andalucía.
V Bioblitz de la Sociedad Gaditana de Historia Natural