A la documentación generada por el propio museo y conservada desde el último tercio del siglo XX hasta la actualidad, hay que añadir el Archivo de Félix Hernández Jiménez, adquirido a su muerte a su hija junto con su biblioteca y otros documentos gráficos donados o depositados en el museo por personalidades relacionadas con el mundo del Patrimonio y que, por tanto, formarían parte de los fondos museísticos: un álbum de fotografías de Madinat Al-Zahra del arquitecto y restaurador Ricardo Velásquez Bosco, fotografías sueltas de la colección de piezas de Ángel Riesgo Ordóñez, del cual se conservan fotocopias de algunos de sus diarios, y los dibujos y bocetos de orfebrería religiosa cordobesa del taller de platería de Felipe del Castillo.

      Tenemos constancia de que algunos documentos pertenecientes al Archivo de Félix Hernández fueron depositados en el Conjunto Arqueológico de Madinat A-Zahra, permaneciendo en el Museo Arqueológico de Córdoba las copias:

• Unos 55 planos y dibujos de Madinat Al-Zahra, fechados entre 1921-1975 y depositados en el Conjunto Arqueológico el 10 de febrero de 1993.
• Legajos nº 3A y 3B del Expediente A, relativo a Madinat al-Zahra, fundamentalmente planos, dibujos y bocetos sobre el citado yacimiento de fechas extremas 1924-1975, depositado el 21 de marzo de 1996.

      Disponemos de instrumentos de descripción del Archivo de Félix Hernández, realizados por técnicos del Archivo Histórico Provincial de Córdoba, un listado de la documentación del taller de platería de Felipe del Castillo y varios inventarios y catálogos de gran parte del fondo fotográfico del museo, el cual fue objeto de un primer proceso de organización en la década de 1980 en el marco del P.A.E.M.B.A. (Plan Andaluz en Materia de Bellas Artes), aunque su ordenación y descripción actual responde a otra intervención, aunque incompleta, llevada a cabo en el año 2006 y que daría como resultado varios inventarios y un cuadro de clasificación.