El Museo de Huelva es un museo realmente joven. Es el resultado de la unión del Museo Provincial de Bellas Artes, creado el 7 de julio de 1920, y del Museo provincial de Arqueología, creado en 1946. Su inauguración tuvo lugar el 12 de octubre de 1973, pero en realidad goza de unos antecedentes interesantes de conocer y unos intentos muy claros de llegar a formalizarse como museo.
La provincia de Huelva vio pasar la oportunidad de crear un Museo Provincial de Bellas Artes al no aprovechar las medidas desamortizadoras de bienes eclesiásticos dictadas por el político liberal Juan Álvarez de Mendizábal en 1835 y 1836. La ocasión que proporcionaba los conventos no cristalizó y la Junta científica y artística se limitó a inventariar, redistribuir en parroquias y vender los bienes muebles incautados a las corporaciones religiosas. En 1844 entran en funcionamiento las Comisiones Provinciales de Monumentos Históricos y Artísticos y el gobernador civil, Miguel Tenorio de Castilla, se dirige a la Comisión Central en 1845 y presenta la desoladora realidad de Huelva: “no hay Biblioteca ni Museo Provincial donde reunir los objetos incautados por los agentes de la Desamortización, y la negligencia y desinterés por la cultura es total”.
Durante el último tercio del siglo XIX, Huelva se va dotando de algunas de las instituciones culturales frecuentes en una capital: 1893 Escuela de Artes y Oficios; 1905 Academia Oficial de Pintura, ambas respaldadas por el Ayuntamiento y la Diputación. Una oportunidad legal supone el Real Decreto del Ministerio de Instrucción Pública, de 24 de julio de 1913, ordenando que en todas las capitales de provincia donde no existiese se crease o instalase un Museo Provincial de Bellas Artes. Estos museos quedarían bajo tutela y vigilancia del Estado, gozando por ello de los auxilios y subvenciones que se establecieran en los presupuestos estatales para tal fin. El fomento y la administración estarían a cargo de la Junta de patronato. Los gastos de vigilancia, limpieza y administración correrían a cargo de la Diputación.
El año 1920 es clave para la constitución del Museo de Huelva. El pintor malagueño José Fernández Alvarado, pone en pie un proyecto en el que el Museo de
Bellas Artes y la Academia de Pintura compartirían edificio. José Fernández Alvarado era catedrático del Instituto de Enseñanza Media de Huelva y Director de la Academia Oficial de Pintura. Eduardo Diaz Franco de Llanos asume la construcción en un solar de su propiedad, de un edificio levantado para tal fin. El 7 de julio de 1920 se crea en la calle Ricos, antigua Castelar, un primer museo bajo el título de Museo Provincial de Bellas Artes, incorporado al Estado en 1922, según el nº 80 de la Gaceta de Madrid de 21 de marzo de 1922.
El edificio fue uno de los primeros levantados en Andalucía con la expresa finalidad de un uso museístico. Era una construcción de 247 m2 de una sola planta y en la fachada se leía la cartela: MUSEO Y ACADEMIA PROVINCIAL DE PINTURA. AÑO MCMXX.
En su interior, aparte de los espacios destinados a enseñanzas artísticas, del despacho de dirección y del estudio de Fernández Alvarado, poseía un salón destinado a Museo, donde se exponían las obras depositadas por coleccionistas particulares y otras de artistas locales.
A partir de 1923 se suceden intentos para que el Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes adquiera el edificio tras ser adquirido el inmueble por un particular. El 9 de septiembre de 1927 sufre un juicio de deshaucio y el Museo hubo de trasladarse a la Casa de los Garrochos en Calle la Fuente. En esta sede sobrevive hasta 1935 en que fallece Fernández Alvarado, y esto acarrea el cierre del Museo. La falta de dirección y el comienzo de la Guerra civil hizo que el Museo quedase desorganizado, hasta tal punto que a propuesta del Patronato, el gobernador civil ordenó que gran parte de estas obras se devolvieran a sus propietarios, almacenándose las procedentes del Estado en dos salas de la última planta en el Instituto de Enseñanzas Medias “La Rábida”, hasta la constitución del actual museo.
El 26 de febrero de 1944 el pintor onubense José Pablo Martínez Coto es nombrado Director del Museo Provincial de Bellas artes y secretario de su Patronato, pero durante poco tiempo, porque fallece prematuramente el 7 de julio de 1948.
La década de los 40 supuso un nuevo intento de dotar a Huelva de un museo,
esta vez de arqueología, consecuencia inevitable del la prolífera actividad del ingeniero D. Carlos Cerdán Márquez, nombrado a tal efecto comisario de actividades arqueológicas en la provincia.
En 1946 surge en Huelva el Museo Provincial de Arqueología. El director del Museo Provincial de Arqueología es el propio Cerdán, y este Museo tuvo su sede en la Fábrica de gas, un edificio cedido por la Junta de Obras del Puerto.
El puesto que deja vacante Martínez Coto se cubre por orden del Ministro de Educación Nacional, el 30 de agosto de 1948, en la persona de Carlos Cerdán, que es nombrado director del Museo Provincial de Bellas Artes. Este nombramiento no significó la revitalización del Museo de Bellas Artes. Sus fondos seguían almacenados en el Instituto de Enseñanza Media en condiciones tales que padeció el hurto de algunos de sus cuadros.
A finales de los años 60, la inquietud de algunos círculos onubenses, los hallazgos tartésicos de la necrópolis de “La Joya”, y la existencia de un solar en la Alameda Sundheim (el solar de la escuela de minas), hacen que los avances sean reales. En 1962 el Museo de Huelva es declarado Monumento Histórico-Artístico, por Decreto de 1 de marzo.
Por orden de 23 de junio de 1969 se crea la plaza de conservador del Cuerpo Facultativo de Museos con la oposición que fue ganada por ganada por Mariano del Amo y de la Hera. El 22 de octubre de 1971 se aprobó en Consejo de Ministros el expediente de obras del nuevo edificio, con proyecto del arquitecto sevillano Lorenzo Martín Nieto, que comenzó a levantarse en 1972 y se inauguró el 12 de octubre de 1973, coincidiendo con el XIII Congreso Nacional de Arqueología.
En esta nueva sede pudieron reunirse los dos museos.
El 2 de diciembre de 1970 renuncia Carlos Cerdán a la dirección y pasa a ocupar la dirección Mariano del Amo, el cual logra rematar el proyecto del Museo Provincial de Huelva. Éste desde sus tres secciones (Arqueología, Bellas Artes y Etnografía) se ofrecía a la sociedad para contribuir a la superación de las carencias culturales de la Huelva de 1973, que quizás hubieran sido menos si hubiera tenido menos sobresaltos y menos traslados.
La sección de Arqueología, la más característica del Museo, cobijó colecciones interesantes de distintos periodos culturales. Importancia tienen los objetos orientalizantes de La Joya (Huelva) y de la discutida cultura tartésica, verdadera riqueza arqueológica, eje de investigación de numerosos científicos.
La sección de Bellas Artes, giró entorno a los depósitos del Museo español de Arte Contemporáneo (Vázquez Diaz) y Museo de Bellas artes de Sevilla (escuela sevillana de los siglos XVII al XX), sin olvidar al fondo del Museo de Arte Contemporáneo de Madrid y el legado de los mejores alumnos de la Academia de Pintura de Huelva, dirigidos desde su formación en 1905 por Antonio de la Torre y López, Eugenio Hermoso Martínez y José Fernández Alvarado.
En cuanto a la sección de Etnografía se pensó ubicarla en un principio en Aracena, como centro dependiente del Museo de Huelva con la denominación de Museo de Artes y Costumbres Populares.