En el archivo del Museo Arqueológico de Úbeda se conserva documentación generada por la propia institución desde 1974, así como parte del fondo documental del Museo de Artes y Costumbres Populares del Alto Guadalquivir (Cazorla) ya que ambas instituciones comparten la misma Dirección.

A estos documentos hay que añadir otros de la Comisión Local de Patrimonio Histórico Artístico de Úbeda, de la Delegación Provincial de la DG. de Bellas Artes del Ministerio de Cultura y de la Delegación Local de la Comisaría Nacional del Patrimonio Artístico en Úbeda, fechados durante las décadas de 1960 y 1990.

No obstante, en 1993 se transfirieron a la Delegación Provincial de la Consejería de Cultura en Jaén 71 contenedores con expedientes de la Comisión Local de Patrimonio Histórico-Artístico de Úbeda y de la Comisión Local de Bellas Artes con fechas extremas 1965-1993.

No existe ningún instrumento de descripción de los fondos documentales que forman parte del archivo del museo.