El Museo de Bellas Artes de Granada, primer museo público de España, fue inaugurado en 1839 con los bienes artísticos incautados a las órdenes religiosas tras el proceso conocido como Desamortización de Mendizábal.
Para llevar a cabo las tareas de incautación de estos bienes se constituyeron Juntas de intervención de Objetos Aplicables a Ciencias y Artes, siendo constituida la de Granada en 1835, la cual ya en 1836 solicita la creación de un museo y biblioteca para albergar los objetos incautados proponiendo para ello el antiguo Convento del Santo Ángel.
No obstante, ante la imposibilidad de ocupar este edificio, se decide ubicar el museo en extinguido convento de Santo Domingo en donde tendría lugar la inauguración del Museo Provincial de Granada en la mañana del 11 de agosto de 1839.
Una vez abierto el museo la Academia Provincial de Bellas Artes asume la gestión del mismo hasta 1844, año en que la Comisión Provincial de Monumentos Históricos y Artísticos toma el relevo de la Academia para cedérselo a la misma diez años más tarde.
A comienzos de 1866, la Comisión vuelve a hacerse cargo de la gestión del museo, que pasa a denominarse Museo de Pintura y Escultura, en virtud del Real Decreto de 24 de noviembre de 1865 que reorganizaba las Comisiones Provinciales de Monumentos .
En 1888, con motivo de la promulgación del Real Decreto de 27 de febrero de 1888 , de creación de cuatro colegios preparatorios militares, el Ayuntamiento de Granada muestra su interés por instalar en el antiguo convento de dominicos uno de ellos, para lo cual, un año después, se desalojaron del citado ex convento todas las instituciones dependientes del Ministerio de Fomento, incluido el Museo de Bellas Artes.
El Real Decreto de 24 de junio de 1889 destinaba toda la parte oriental del Palacio de Carlos V para el establecimiento de los Museos de Bellas Artes y Arqueológico, disponiendo, asimismo, que mientras durasen las obras de terminación del palacio los objetos de ambos museos se conservaran provisionalmente en los locales que a tal efecto facilitaran la Diputación Provincial o el Ayuntamiento de Granada. Por este motivo se procedió al depósito de los fondos de ambos museos en los sótanos de las Casas Consistoriales, lugar donde permanecerían hasta 1897, fecha el la que el Ayuntamiento de Granada arrienda la casa nº 11 de la Calle Arandas como sede de los museos granadinos, la Academia de Bellas Artes y la Comisión de Monumentos.
Con la promulgación del Real Decreto de 24 de julio de 1913, por el que se reorganizaba los museos provinciales y de bellas artes y su Reglamento de desarrollo de 18 de octubre de 1913 , el fomento y administración de los museos provinciales y municipales pasa a manos de las Juntas de Patronato, constituyéndose la del Museo Provincial de Bellas Artes de Granada el 16 de junio de 1914.
Sin embargo, ante la insuficiencia de espacio para todas las instituciones instaladas en la casa de la Calle Arandas, esta Junta gestiona el traslado del museo a la Casa de Castril, cuya inauguración tiene lugar el 18 de junio de 1923.
Años más tarde, el estado de deterioro de esta última sede, daría pie a que de nuevo se planteara la opción de la instalación del museo en el Palacio de Carlos V, lo que no se produciría definitivamente hasta 1958.
Actualmente el Museo de Bellas Artes de Granada es una institución de titularidad estatal y gestión autonómica a raíz de la promulgación del Real Decreto 864/1984, de 29 de febrero, mediante el que se traspasan las funciones y servicios del Estado a la Comunidad Autónoma de Andalucía en materia de cultura, y el convenio firmado entre el Ministerio de Cultura y la Junta de Andalucía por Resolución de 14 de diciembre de 1984 .