A principio de la década de los 90 la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía decidió crear, en el seno del Instituto Andaluz del Patrimonio Histórico, un servicio especializado para desarrollar labores de documentación, investigación, protección, conservación y difusión de los bienes culturales sumergidos. Por las características del patrimonio al que atiende y la histórica vinculación de la ciudad Cádiz con el mar y la arqueología subacuática, esta ciudad fue elegida como lugar para enclavar su sede asignándosele a tales efectos el emblemático edificio del Balneario de la Palma y el Real.
