Las funciones que tiene atribuidas la Agencia se reparten entre los distintos órganos que integran su estructura organizativa en:
- La Dirección-Gerencia, le corresponden las funciones de dirección y representación de la Agencia, de impulso de las actuaciones de promoción y defensa de la competencia, así como la coordinación general de los órganos de la Agencia.
- El Consejo de Defensa de la Competencia de Andalucía, es el órgano colegiado de resolución y dictamen. Ejerce sus funciones con objetividad, profesionalidad, plena independencia y sometimiento al ordenamiento jurídico. Esta formado por:
- La Presidencia, cuyo titular es Ana Isabel Moreno Muela.
- La Vocalía Primera, cuyo titular es Miguel Ángel Luque Mateo.
- La Vocalía Segunda, cuyo titular es Isabel Muñoz Durán.
- El Departamento de Investigación de Defensa de la Competencia de Andalucía, que ejerce las funciones de instrucción, investigación y vigilancia en materia de defensa de la competencia.
- El Departamento de Estudios, Análisis de Mercados y Promoción, que ejerce el asesoramiento económico especializado en relación a la promoción de la competencia en los mercados y la gestión del Sistema de Información de la Competencia de Andalucía.
- La Secretaría General, que asume la asistencia jurídica, así como la administración del presupuesto y el régimen interno de la Agencia.