En la actividad agrícola hay que tener en cuenta la higiene alimentaria desde el momento en que se recogen los frutos en el campo hasta el envasado y transporte de los mismos. Los productos agrícolas se pueden ver contaminados por elementos físicos como la tierra o la hierba, químicos como los productos fitosanitarios y biológicos por entrar en contacto con hongos entre otros.

Las distintas fases que sigue un producto alimenticio nos indicarán claramente los distintos puntos donde tenemos que incidir en las pautas higiénico-alimentarías.

Existen tres tipos principales de riesgos por lo que pueden contaminarse las frutas, hortalizas y los alimentos en general en las diferentes etapas, desde la producción primaria hasta su consumo.