El Instituto Andaluza de la Juventud, mantiene una línea de colaboración con Entidades Públicas para la puesta en marcha de distintos programas y actuaciones en materia de juventud. Esta línea de colaboración se lleva a cabo tanto con Entidades Locales, (Ayuntamientos, Mancomunidades, Diputaciones) , como con Universidades Públicas Andaluzas.

En el caso de Entidades Locales, las actuaciones van dirigidas a colaborar en la puesta en marcha, tanto de actividades en materia de juventud por parte de Ayuntamientos, Mancomunidades y Diputaciones, como a la mejora de infraestructuras y adquisición de equipamiento para jóvenes. Por otra parte se mantiene también una línea de colaboración especial con aquellos Ayuntamientos, que cumpliendo una serie de requisitos en cuanto a prestación de servicios a la juventud, solicitan su calificación como "Municipio Joven".

Por otra parte con las Universidades Públicas Andaluzas se mantiene un cauce de colaboración, ya que éstas se configuran como uno de los medios más apropiados para ofrecer a la juventud andaluza universitaria, proyectos de participación y fomento que permitan su integración en la vida económica, social y cultural de Andalucía.