El dictamen de la Comisión Científica se ha basado en un trabajo de investigación, encargado por la Autoridad Portuaria de Sevilla al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y a varias universidades, que recoge el impacto que el dragado de profundización tendría en el estuario del Guadalquivir, cuya orilla derecha fija el límite del Parque Nacional de Doñana.
Así, el dictamen concluye que el actual dragado de mantenimiento del canal de navegación del Guadalquivir debe mantenerse, aunque debe modificar sus condiciones de tiempo, lugar y magnitud, con asesoramiento científico, para evitar el solape de las consecuencias del dragado con otros factores en el estuario y minimizar de esta manera sus efectos negativos.
Asimismo, según el dictamen científico, el dragado de profundización propuesto en el proyecto 'Actuaciones de mejora en accesos marítimos al puerto de Sevilla' no es recomendable en la situación actual, por repercutir negativamente en la dinámica, morfología y biodiversidad del estuario y, por lo tanto, del Espacio Natural de Doñana. Este proyecto tampoco mejorará la situación frente a procesos extremos (turbidez y salinidad) y limitará severamente la capacidad de minimizar su duración y sus efectos.
En este sentido, el dictamen recomienda que se desestime el dragado de profundización del río y que en el caso de que la Autoridad Portuaria mantenga su voluntad de realizar dicho dragado, esta inicie un nuevo procedimiento para el estudio de impacto ambiental, una vez las condiciones en el estuario hayan mejorado.
La situación actual requiere, además, la intervención rápida y coordinada de las administraciones implicadas en la planificación y gestión del estuario de la cuenca del Guadalquivir y de la costa, para que se revierta la tendencia actual que lleva al colapso al estuario y a la costa que de él depende, y, por tanto, al Parque Nacional de Doñana, cuyas marismas forman parte del propio estuario.
Asimismo, la Comisión Permanente ha señalado que para aumentar el calado de los barcos que atraquen en el ampliado puerto de Sevilla, el dragado deberá ser sostenible y respetar el entorno de Doñana e, incluso, mejorarlo en algunos casos.
Por último, esta comisión ha felicitado a los investigadores participantes en el proyecto 'Propuesta metodológica para diagnosticar y pronosticar las consecuencias de las actuaciones humanas en el estuario del Guadalquivir', por la cantidad y calidad de información y conocimiento generados respecto al estuario del río.