La regulación consolidará y reforzará el control que ya se viene realizando sobre las actividades y usos en estos humedales para disminuir la mortalidad de las aves acuáticas. Así, el plan prohíbe cualquier intervención que altere o modifique las características naturales de las lagunas, especialmente en lo referido a la calidad de sus aguas y a su vegetación. Del mismo modo, distingue entre las normas de protección de las zonas de reserva y de las áreas periféricas. En las primeras solo se permiten actividades científicas y educativas, previa autorización de la Consejería de Medio Ambiente, además de las vinculadas a la preservación de los recursos naturales.
Respecto a las zonas periféricas de protección, integradas en su mayor parte por cotos privados, el plan regula la caza menor, las labores agrícolas y ganaderas, el uso privativo de las aguas, y los movimientos de tierra y la construcción de infraestructuras como muros, canales o instalaciones de telefonía móvil. Estas actividades requerirán de autorización administrativa, mientras que se prohíben las extracciones de áridos y el empleo de productos fitosanitarios contaminantes.
Finalmente, el plan de ordenación incluye propuestas para mejorar la calidad y cantidad de las aguas, mantener la vegetación en buen estado de conservación, preservar la biodiversidad a través de la eliminación de especies exóticas invasoras y mejorar la red de equipamientos de uso público, señalización y accesos.
Las zonas húmedas del Sur de Córdoba, ubicadas en un paisaje fuertemente transformado durante siglos por la actividad agraria, permiten la supervivencia de especies de flora y fauna de gran interés. Más de un centenar de especies de aves utilizan las lagunas como zonas de refugio, alimentación, descanso y reproducción. Entre ellas destacan la malvasía cabeciblanca, la focha moruna, el flamenco rosa, la garza imperial, el calamón o el aguilucho lagunero.
Tres de estos humedales son lagunas de aguas permanentes: Zóñar, con una superficie de reserva de 37 hectáreas; Amarga (2,4 hectáreas), y Rincón (3,20). Otros tres tienen carácter estacional: Tíscar (11 hectáreas); Salobral (46) y Jarales (3). En cuanto a los embalses de Cordobilla y Malpasillo, sus territorios protegidos ocupan 313 y 87 hectáreas, respectivamente.