Sus funciones serán informar, analizar y realizar propuestas al Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino relativas a las estrategias de conservación de especies amenazadas y directrices, para proporcionar la mejor información técnica y científica disponible, así como trasladar su opinión en su aplicación y seguimiento.

Esta consejería destina para el ejercicio 2012 un total de 788,4 millones de euros, de la que 182 millones se destinarán a gastos de funcionamiento y personal; mientras que 606,4 millones de euros, es decir el 77%, tendrá un carácter inversor.

Entre sus funciones se encuentra, entre otras, realizar el seguimiento de las normas y planes, así como de las políticas relativas a la ordenación y gestión del litoral.