Con un total de cuarenta vocales, entre los que se encuentran representantes de regantes, agricultores, de la universidad, ayuntamientos, usos industriales, colectivos ecologistas, consumidores, asociaciones empresariales, y organizaciones sindicales, este órgano tendrá competencias sobre cuestiones tales como planificación hidrológica, gestión de sequías, información en emergencias por inundaciones o el desarrollo de las obras hidráulicas, entre otras.
Asimismo, también analizará las propuestas surgidas de los diferentes comités de gestión del agua, ya constituidos, y que representan a siete sistemas de explotación: Sierra de Filabres-Estancias, Poniente Almeriense y Gádor-Filabres; Campo de Gibraltar; Málaga-Costa del Sol Occidental y Axarquía; y litoral de Granada.
Esta Comisión del Agua supone un importante avance para la gestión participativa en la cuenca, al integrarse por primera vez en un órgano de este tipo los colectivos con intereses en la gestión del agua. Es, por tanto, un órgano de gobierno que hace partícipes a integrantes de todos los sectores socioeconómicos de este ámbito de la comunidad autónoma andaluza, y cuyas funciones son informar de las cuestiones de interés general de la cuenca y las relativas a la mejor ordenación, explotación y tutela del dominio público hidráulico.
Entre sus objetivos destacan la redacción y el desarrollo del plan hidrológico de la demarcación de cuenca, la aprobación y puesta en marcha del Plan de Gestión de Sequía, el impulso de la desalación, los planes de ordenación de extracción de recursos en acuíferos, la consecución del vertido cero en el horizonte del año 2012 con la finalización de las obras pendientes de saneamiento integral, etcétera.
Esta comisión está presidida por la presidencia de la Agencia Andaluza del Agua y el titular de la Consejería de Medio Ambiente, y cuenta con dos vicepresidencias. La primera corresponde a la Viceconsejería de Medio Ambiente y la segunda a la Dirección Gerencia de la Agencia. De los cuarenta vocales, catorce representan a los usuarios de la cuenca y a las organizaciones de regantes y agricultores, abastecimientos urbanos y consumidores, mientras que otros siete han sido elegidos por las organizaciones, sindicales y empresariales, vecinales, defensoras de la naturaleza y universidades andaluzas. El resto se reparte entre cuatro vocales de la Administración local, tres de la Administración del Estado y doce de la Junta de Andalucía, con rango al menos de director general, en representación de las consejerías de Gobernación; Economía y Hacienda; Innovación, Ciencia y Empresa; Obras Públicas y Transportes; Turismo, Comercio y Deporte; Agricultura y Pesca; Salud; y Medio Ambiente.