Además de este salto tecnológico, este departamento está asumiendo, cada vez más, nuevas funciones orientadas a la conservación. Así, además de la recopilación anual de los censos invernales de aves acuáticas, se obtendrán índices sobre las tendencias poblacionales de las aves acuáticas. Se trata de bioindicadores del estado y evolución de la biodiversidad. Esta información permite planificar estrategias de conservación que tengan en cuenta el ámbito internacional, aportando datos sobre procedencia y contingentes de aves invernantes.
La base de datos contiene registros de todas las aves presentes en algún momento en España, ya sean nidificantes, invernantes o se encuentren en paso migratorio. Actualmente, los anillamientos de aves (unos 300.000 anuales) se realizan en toda la geografía española y en todas las épocas. La Oficina de Especies Migratorias centraliza, por tanto, la información para que esta pueda ser utilizada por científicos y gestores, coordinando el anillamiento a escala estatal.
A parte de todo lo dicho hasta ahora, la Oficina de Especies Migratorias viene incrementando, desde su constitución, nuevas funciones orientadas a la conservación, gestionando el anillamiento de murciélagos y tortugas marinas.