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La Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía cuenta con una red de laboratorios capacitados para dar respuesta a las necesidades de control de la calidad de las aguas y seguimiento de vertidos.
Los Laboratorios de Vigilancia y Control de la Contaminación, están estratégicamente ubicados, repartiéndose el campo de actuación por zonas de influencia: litoral onubense y curso bajo del río Guadalquivir (Laboratorio de Huelva), litoral gaditano incluyendo las bahías de Cádiz y Algeciras y litoral occidental malagueño (Laboratorio de Palmones), litoral oriental malagueño y litoral de Granada y Almería (Laboratorio de Motril).
En su origen, la actividad de estos laboratorios de Vigilancia y Control de la Contaminación se centró en el control de vertidos y la atención a incidentes ambientales. A lo largo de los años, atendiendo a los requerimientos de la Administración Autonómica, se han ido diversificando los campos de actuación y, en la actualidad, se desarrollan trabajos sobre diversas matrices integrados en múltiples programas ejecutados a lo largo de todo el territorio andaluz.

Trabajos genéricos
— Control de los vertidos. Supone la base de los trabajos ejecutados por los laboratorios. Se realizan caracterizaciones de vertidos, seguimiento de efluentes autorizados o en trámite, control de los autoanálisis realizados por los titulares de los vertidos, y cualquier otra actuación requerida por la Consejería de Medio Ambiente.
— Atención a incidentes ambientales. El dispositivo de emergencias y el protocolo de intervención que se ha establecido, que incluye personal de guardia 24 horas al día, permite la atención inmediata a incidentes, investigación de sus causas y seguimiento de sus efectos a requerimiento de la Consejería de Medio Ambiente.
— Seguimiento del medio receptor. Se lleva a cabo la vigilancia de la calidad de las aguas y la evaluación de ésta última, atendiendo a distintos indicadores físico-químicos y biológicos.
Programas específicos
— Caracterización fisico-química y biológica de humedales andaluces. La participación de los laboratorios se centra en el levantamiento de información, muestreo periódico, análisis y elaboración de informes sobre el estado de las zonas húmedas en Andalucía.
— Seguimiento de la Calidad Ambiental en la cuenca del Guadiamar. Desde el accidente minero de Aznalcóllar en 1998, se desarrollan actuaciones encaminadas a conocer el estado del Guadiamar y su entorno, para lo cual se analizan periódicamente agua, sedimentos y biota procedente de la zona afectada.
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