Principales muestras para estudios microbiológicos

  • En la medida de lo posible, las muestras deben tomarse antes de iniciar cualquier tratamiento antibiótico.
  • En el estudio microbiológico es decisivo la adecuada recogida de una muestra representativa del proceso infeccioso y su rápido envío al laboratorio.
  • Contactar con microbiología para cualquier duda o información adicional.

Si bien existen muchas prácticas consideradas inapropiadas, éstas pueden intentar solventarse con medidas de fácil ejecución:

TIPOS DE INFECCIÓN MUESTRA COMENTARIOS *
Bacteriemia

Numerosos procesos infecciosos pueden cursar con bacteriemia: neumonías, meningitis, pielonefritis, osteomielitis, artritis, infecciones abdominales, infecciones de piel y tejidos blandos, fiebre de origen desconocido, etc.

Hemocultivo

Realizar 2 extracciones/tomas de sangre utilizando lugares diferentes de venopunción.

  • En adultos, cada extracción será de 20 ml distribuida en dos frascos (aerobio y anaerobio).
  • En RN y lactantes siempre que sea posible, es recomendable realizar 2 extracciones (frascos aerobios).

No realizar extracción a través de catéter salvo sospecha de bacteriemia asociada a catéter.

NO es necesario esperar a pico febril para extracción de hemocultivo (retraso innecesario de inicio del tratamiento ATB)
Infecciones cardiovasculares y asociadas a dispositivos intravasculares

Endocarditis

Hemocultivo

En endocarditis bacterianas subagudas si el estudio inicial de hemocultivos fuera negativo a las 48 horas, es recomendable realizar otras dos extracciones en días sucesivos.

Infección del catéter

Catéter venoso y arterial/ Piel pericatéter/

Conexión del catéter
El cultivo del catéter no tiene valor si no viene acompañado de hemocultivo por venopunción.

Pericarditis

Líquido pericárdico

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes.
Sistema nervioso central

Meningitis – encefalitis

LCR

En función del diagnóstico clínico de sospecha solicitar el/los estudios específicos. Se recomienda priorizar de acuerdo con la citología y bioquímica.

Realizar hemocultivos si sospecha clínica de meningitis.
Tracto respiratorio superior

Faringoamigdalitis

Exudado faríngeo

Sólo se investigará de manera habitual estreptococos β-hemolíticos.

Sinusitis

Aspirado sinusal

No válidos exudados nasales.

Punción seno maxilar: procedimiento indicado en situaciones concretas.

Otitis media

Timpanocentesis

Procedimiento indicado en situaciones concretas

Otitis externa

Exudado oído externo

No enviar muestra si no existe  supuración evidente. Utilizar siempre dos escobillones con medio de transporte.
Tracto respiratorio inferior

Neumonía

Esputo, muestras obtenidas por broncoscopia, punción transtorácica, transtraqueal, bronco aspirado.

Orina: antígenos legionella y neumococo.

En función del diagnóstico clínico de sospecha solicitar el/los estudios específicos. Se recomienda realizar hemocultivos.
No realizar detección de antígeno de Legionella y neumococo en orina sin evidencia de neumonía.

No utilidad antígenos de neumococo en orina en  edad pediátrica.

Neumonía

Líquido pleural, aspirado absceso

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes.

Otros

Lavado nasofaríngeo

Nasal

Estudio de Tos ferina e infecciones víricas (VRS, gripe).

En general sólo es útil para estudio de portadores de Staphylococcus aureus.
Infecciones oculares

Conjuntivitis

Exudado conjuntival/raspado

En exudados purulentos utilizar dos escobillones estériles con medio de transporte.

Queratitis

Raspado corneal

Realizar la siembra a la cabecera del enfermo.

Endoftalmitis

Líquido intraocular

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes.
Infecciones gastrointestinales

Diarrea

Heces/
Biopsia intestinal/

Aspirado duodenal
En función del diagnóstico clínico de sospecha solicitar el/los estudios específicos.
Infecciones intraabdominales

Peritonitis

Líquido peritoneal

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes y si se sospechan anaerobios utilizar medio de transporte para anaerobio.
Se recomienda realizar hemocultivos.

Abscesos intraperitoneales y abscesos viscerales

Aspirado abscesos

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes y si se sospechan anaerobios utilizar medio de transporte para anaerobio.
Se recomienda realizar hemocultivos.

Colecistitis

Líquido biliar

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes y si se sospechan anaerobios utilizar medio de transporte para anaerobio.
Se recomienda realizar hemocultivos.

Tracto urinario

Infección de orina

Orina  (micción limpia, sondaje, bolsa adhesiva)

Orina punción suprapúbica

En función del diagnóstico clínico de sospecha solicitar el/los estudios específicos.
Es imprescindible indicar el tipo de muestra y cualquier situación clínica considerada (inmunosupresión, embarazo…).
VER protocolo ITU en Pediatría para toma de muestra adecuada
Diagnóstico de bacteriuria por anaerobios y de ITU en niños.

Se recomienda realizar hemocultivos si sospecha clínica de pielonefritis.
Tracto genital

Úlceras genitales

Raspado úlcera

Utilizar siempre dos escobillones con medio de transporte.
Para estudio de Chlamydia trachomatis enviar un escobillón seco (sin medio de transporte).

Vaginal pediátrico para vulvovaginitis prepuberal.

Uretritis

Exudado uretral

Utilizar siempre dos escobillones con medio de transporte.
Para estudio de Chlamydia trachomatis enviar un escobillón seco (sin medio de transporte).

Vaginal pediátrico para vulvovaginitis prepuberal.

Vulvovaginitis

Exudado vaginal

Utilizar siempre dos escobillones con medio de transporte.
Para estudio de Chlamydia trachomatis enviar un escobillón seco (sin medio de transporte).

Vaginal pediátrico para vulvovaginitis prepuberal.

Cervicitis

Exudado endocervical

Utilizar siempre dos escobillones con medio de transporte. Para estudio de Chlamydia trachomatis enviar un escobillón seco (sin medio de transporte). Vaginal pediátrico para vulvovaginitis prepuberal.

Detección EGB

Vagino-rectal

Realizar en la semana 35-37 de embarazo.

Prostatitis

Orina/Secreción prostática

Test de Stamey.
Piel y tejidos blandos

Impétigo, foliculitis, erisipela, celulitis, úlceras, infecciones gangrenosas, abscesos cutáneos, heridas y quemaduras

Preferiblemente aspirados y biopsias.

Son menos recomendables las muestras en escobillón (utilizar siempre dos escobillones con medio de transporte)

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes. Si la biopsia es pequeña añadir un poco de suero fisiológico estéril y si se sospechan anaerobios utilizar medio de transporte para anaerobio.
En  infecciones graves se recomienda realizar hemocultivos.
Para estudio de hongos, enviar muestra en escobillón con medio de transporte o en contenedor estéril sin conservantes.

En lesiones de piel descamativas enviar las escamas de la zona periférica
Huesos y articulaciones

Artritis

Líquido sinovial

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes.

Se recomienda realizar hemocultivos.

Osteomielitis

Biopsia ósea

Exudado

Introducir la muestra en contenedor estéril sin conservantes. Si la biopsia es pequeña añadir un poco de suero fisiológico y si se sospechan anaerobios utilizar medio de transporte para anaerobio.
Se recomienda realizar hemocultivos.

En infección asociada a prótesis evitar los exudados de herida quirúrgica o fístula.
* Modificado de Procedimiento en Microbiología Clínica Nº 1 a. 2ª ed. SEIMC; 2003. No incluye estudios serológicos.