Los órganos superiores de gobierno, dirección y ejecutivos de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía así como sus funciones vienen determinadas en el Decreto 99/2011, de 19 de abril, por el que se aprueban los Estatutos de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía, (BOJA nº 83, de 29/04/2011) modificado por el Decreto 538/2012, de 28 de diciembre, por el que se aprueba la modificación de los Estatutos de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía aprobados por Decreto 99/2011, de 19 de abril (BOJA nº 254, de 31/12/2012). 

Decreto 99/2011, de 19 de abril, por e que se aprueban los Estatutos de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía, modificado por Decreto 538/2012, de 28 de diciembre.

Artículo 12. Composición y carácter

1. El Consejo Rector es el órgano superior de gobierno de la Agencia, que ostenta su alta dirección, gobierna la entidad y establece las directrices de actuación de la misma, de conformidad con las emanadas de la Consejería a la que se encuentra adscrita.
2. El Consejo Rector estará integrado por la persona que ostente la Presidencia y por las vocalías que se señalan en el párrafo anterior. Todos los miembros ejercerán sus cargos con carácter no retribuido.
3. Las Vocalías corresponderán a cada una de las personas titulares de los órganos directivos centrales de la Agencia, de la Consejería de Agricultura, Pesca y Desarrollo Rural, y la persona titular de la Presidencia del Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria, Pesquera, Alimentaria y de la Producción Ecológica.
4. Las personas que sean vocales por razón del cargo que desempeñan perderán su condición de vocal al cesar en dicho cargo.
5.  El Consejo Rector estará asistido por una persona licenciada en Derecho, aque actuará como secretario con voz y sin voto, designado por el propio Consejo Rector a propuesta de la Presidencia entre el personal de la Agencia que reúna la condición de funcionario público. La persona que desempeña la Secretaría del Consejo Rector podrá cesar por revocación de su designación.
6. A los efectos de preparación de los asuntos que deban someterse a la decisión del Consejo Rector, de estudios, de iniciativas, proyectos o de elaboración normativa, a propia iniciativa del Consejo o a instancia de la Consejería a la que se encuentra adscrita la Agencia, podrán crearse  comisiones especializadas o grupos de trabajo en los que podrán participar pesonas titulares de las vocalñias de este Consejo así como otras personas no pertenecientes a él.
7. Cuando sea convocado, y a efectos de informar sobre algún asunto a considerar por el Consejo Rector, podrá asistir a sus reuniones el personal de la Consejería a la que se encuentra adscrita la Agencia y también de esta.

Decreto 99/2011, de 19 de abril, por e que se aprueban los Estatutos de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía, modificado por Decreto 538/2012, de 28 de diciembre.

Artículo 13. Funciones del Consejo Rector.

Corresponden al Consejo Rector las siguientes funciones:

1. Velar por el cumplimiento del ordenamiento jurídico en todas las actuaciones de la entidad.
2. Aprobar, a propuesta de la Gerencia, el proyecto de contrato plurianual de gestión, de acuerdo con lo establecido en el artículo 72.1 de la Ley 9/2007, de 22 de octubre.
3. Aprobr el proyecto de Plan de acción anual de la Agencia, con arreglo a lo aprobado en el contrato plurianual de gestión.
4. Aprobar el anteproyecto de Presupuesto de ingresos y gastos de la Agencia, de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 63 del Texto Refundido de la Ley General de la Hacienda Pública de la Junta de Andalucía, para su elevación a la Consejería competente en materia de hacienda, a través de la Consejería a la que se encuentra adscrita, y posterior aprobación por el Consejo de Gobierno.
5. Establecer los protocolos de actuación necesarios para la ejecución de las funciones o competencias propias de la Agencia a las que se refiere el artículo 7 cuyo ejercicio haya de ser realizado bajo las directrices emanadas de la Consejería a la que se encuentra adscrita, garantizando en todo caso que las actuaciones que impliquen el ejercicio de potestades pública quedan reservadas a personal funcionario.
6. Aprobar con carácter provisional, a propuesta de la Presidencia, las actuaciones e inversiones cuyo compromiso de pago, gasto o riesgo sea superior a los importes que determinan legalmente la necesidad de acuerdo del Consejo de Gobierno.
7. Aprobar los criterios de la polítia de personal, el organigrama de la entidad y el catálogo de puestos de trabajo. Supervisar la actuación de la Gerencia y demás órganos y unidades de la propia Agencia.
8. Acordar la creación de comisiones especializadas o grupos de trabajo en el eno de la Agencia, definir su composición, así como determinar sus funciones.
9. Decidir sobre el ejercicio de acciones y recursos que correspondan a la entidad en defensa de sus intereses, o ratificar las iniciadas por la Gerencia en casos de urgencia.
10. Acordar la enajenación y gravamen de los bienes y derechos que constituyen el parimonio propio de la Agencia, de acuerdo con lo establecido por la normativa patrimonial de la Comuniad Autónoma Andaluza.
11. Estar informado periódicamente de la gestión y actividades de las sociedades participadas por la Agencia.
12. Cambiar el domicilio de la entidad, así como establecer, modificar o suprimir dependencias, oficinas o delegaciones, de conformidad con lo dispuesto en el artículo 6.3.
13. Aprobar a propuesta de la Gerencia la carta de servicios y derechos de la Agencia, asi como su gestión y seguimiento.
14. Conocer de todas aquellas cuestiones que la Presidencia someta a su consideración.
15. Aquellas funciones que expresamente le sean atribuidas por la Ley, estos Estatutos y normas de desarrollo, así como las que se le deleguen de conformidad con la normativa vigente.