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Herramientas de alto rendimiento basada en qPCR (Openarray)

La PCR en tiempo real se ha considerado como técnica de referencia o “Gold standard” en la cuantificación de expresión génica por su sensibilidad, especificidad y amplio rango dinámico. Sin embargo, esta técnica proporciona una información limitada por su aplicación a un pequeño número de genes.

Recientemente se ha desarrollado una nueva tecnología denominada OPENARRAY (Life Technologies) en la cual las amplificaciones mediante PCR se realizan en volúmenes de nanolitros. Esto ha permitido disponer de un soporte capaz de realizar de forma simultánea 3072 qPCR (equivalente a 8 placas de 384 pocillos), y que se pueden subdividir en 48 subarrays. Todo esto la convierte en una herramienta útil para la cuantificación de un alto número de transcritos, incluso aquellos muy poco abundantes, a precios de coste/reacción muy competitivos y la evaluación y monitorización simultánea con una gran precisión de una amplio rango de rutas metabólicas, reguladoras y de señalización celulares. Todo esto, unido a su rapidez en la obtención de resultados, similar a los procedimiento tradicionales de qPCR, y  en la  implementación en laboratorios de biología molecular con el adecuado equipamiento la han convertido en una opción competitiva para la validación de los resultados obtenidos mediante NGS y microarrays así como para la evaluación de los patrones de expresión celulares en respuesta a estímulos y antes condiciones específicas de interés acuícola. No obstante, una limitación de aplicabilidad de este tecnología se basa en el conocimiento previo de secuencias específicas según especie, su función y el posterior diseño de array y sondas según las variables de interés.
 
openarray

En el caso de AQUAGENET, se han generado un importante volumen de recursos genómicos en distintas especies lo que ha permitido integrar información de NGS con el desarrollo de estas herramientas. Además, se han creado bases de datos que han anotado y permitido identificar la función de los genes facilitando el diseño de estas herramientas. [+info Bases de Datos]
 
En total se han diseñado tres herramientas en lenguado de acuerdo con los objetivos del proyecto y que son:

a) Herramienta para la evaluación de la respuesta de genes implicados en osmoregulación y estrés en lenguado
b) Herramienta para la evaluación de la respuesta de genes implicados en sistema inmune
a) Herramienta para la evaluación de la respuesta de genes implicados de función endocrina.
 
 
 
 
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