El Consejo de Gobierno ha nombrado a los presidentes de las seis Autoridades Portuarias de Andalucía. Son los siguientes:
Málaga: Enrique Linde Cirujano.
Huelva: José Jenaro García-Arreciado Batanero.
Almería-Motril: José Antonio Amate Rodríguez.
Bahía de Cádiz: Rafael Barra Sanz.
Bahía de Algeciras: Manuel Morón Ledro.
Sevilla: Manuel Fernández González.
Enrique Linde Cirujano: Abogado. Entre otros cargos ha sido consejero de Gobernación de la Junta de Andalucía, presidente de la Diputación de Málaga y gobernador Civil de Granada.
José Jenaro García-Arreciado Batanero: Ingeniero industrial. Fue director general de Trabajo de la Junta en la etapa preautonómica. En la actualidad es portavoz del PSOE en la Comisión de Infraestructuras del Congreso de los Diputados.
José Antonio Amate Rodríguez: Diputado a Cortes desde 1980. En la actualidad es secretario de la Comisión de Política Social y Empleo y vocal de la Comisión de Infraestructuras.
Rafael Barra Sanz: Ingeniero de Caminos, Canales y Puertos. Actualmente es el director del Área de Cooperación y Asistencia a Municipios de la Diputación de Cádiz.
Manuel Morón Ledro: Ingeniero de Caminos, Canales y Puertos. Desde 1982 es director del términal marítimo en la Bahía de Algeciras de la empresa Gibraltar-Intercar.
Manuel Fernández González: Licenciado en Ciencias Económicas y Empresariales. Es el portavoz socialista de Industria en el Parlamento de Andalucía y vocal de la Comisión de Economía y Hacienda.