El Archivo Histórico Provincial de Málaga tuvo su origen con el Decreto de 12 de noviembre de 1931, que promovió la creación de Archivos Históricos en aquellas provincias que no eran sedes de Colegio Notarial, para recoger los Protocolos centenarios producidos por los Distritos Notariales existentes en cada una de ellas.

Quedó incorporado al Sistema de Archivos del Estado, formando parte de la red de Archivos Históricos Provinciales, aunque con la categoría de Depósito, hasta que con el Decreto del Ministerio de Educación y Ciencia de 23 de marzo de 1977 fuera reconocido como Archivo Histórico Provincial.

Tras producirse las transferencias de funciones y servicios del Estado a la Comunidad Autónoma Andaluza en materia de Cultura, y quedar asignadas éstas a la Consejería competente en materia de cultura, los Archivos Históricos Provinciales, de titularidad estatal, pasan a ser gestionados por la Junta de Andalucía por Real Decreto 864/1984, de 29 de febrero. En la actualidad el centro se rige por un nuevo convenio de gestión firmado el 23 de mayo de 1994 y es integrado ese mismo año en el Sistema Andaluz de Archivos, que depende de la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía.