El Castillo de San Marcos se ubica en un cerro al Noreste de Sanlúcar de Guadiana, en la margen izquierda del río Guadiana, presentando fuertes pendientes en sus laderas y una topografía muy quebrada, de difícil accesibilidad, alcanzando una cota de altitud máxima de 136 metros. Desde este emplazamiento se posee una gran visibilidad sobre el entorno geográfico, controlándose el territorio circundante, sobre todo la plaza opuesta portuguesa de Alcoutim, la frontera con Portugal y su tránsito, y el acceso por embarcación al puerto de Sanlúcar.

Se define como una fortificación "artillera" cuya planta y disposición de estructuras se deben a los distintos procesos constructivos operados desde el siglo XIV al XIX