La iglesia de Santa María la Mayor se levanta sobre el solar de la mezquita mayor, obra del siglo XIII según indican los restos decorativos del minar conservado, semejante a los templos meriníes. La mezquita duró poco tiempo, aunque no se sabe la fecha exacta en que se construyó la iglesia, obra gótica de fines del siglo XV o principios del XVI, con planta basilical en la que se aprecian las diferentes etapas de su construcción.

El terremoto de 1580 desplomó toda la parte norte de la construcción. Refiriendonos ya a la iglesia nueva encontramos el punto de unión en los últimos pilares góticos, que se refuerzan con otros a los que se adosan columnas estriadas de altos basamentos que primero recogen, sobre un capitel acanalado, un sencillo arco triunfal con escudo imperial en la clave y luego se proyectan hacia arriba rematando en vistosos capiteles corintios sobre los que apoya un entablamento cuyo friso presenta decoración de palmas y la cornisa superpone varios cuerpos decorados, dejando sobre ella amplio pasillo. Sobre él se alzan unos tímpanos perforados por óculos o arcos de medio punto entre vigorosos baquetones y roleos coronados por frontón triangular, determinados por la curva de la cubierta de estas naves laterales que se resuelve con un medio cañón en sentido transversal surcado por lunetos y dos nervios cruzados que se unen en un medallón central.

Esta iglesia en su segunda etapa constructiva responde a un concepto manierista de la arquitectura, estableciendo principios desarrollados posteriormente por la época barroca.