La Ley 2/2003, de 12 de mayo, de Ordenación de los Transportes Urbanos y Metropolitanos de Viajeros en Andalucía, creó en su artículo 30 el Ente Público de Gestión de Ferrocarriles Andaluces, como un ente de derecho público de los previstos en el artículo 61.b) de la Ley 5/1983, de 19 de julio, General de Hacienda Pública de la Comunidad Autónoma de Andalucía, con personalidad jurídica y patrimonio propio, con administración autónoma y con plena capacidad de obrar para el cumplimiento de sus fines generales. Posteriormente, y a través de la Ley 9/2006, de 26 de diciembre, de Servicios Ferroviarios de Andalucía se modificó la denominación del Ente Público de Gestión de Ferrocarriles Andaluces, que con efectos 19 de enero de 2007 pasó a denominarse Ferrocarriles de la Junta de Andalucía.
Mediante Decreto-ley 5/2010, de 27 de julio, por el que se aprueban medidas urgentes en materia de reordenación del sector público, Ferrocarriles de la Junta de Andalucía pasó a denominarse Agencia de Obra Pública de la Junta de Andalucía. La Agencia se rige por lo dispuesto en la Ley 1/2011, de 17 de febrero, de Reordenación del Sector Público, y por la Ley 9/2007, de 22 de octubre, de la Administración de la Junta de Andalucía, sin perjuicio de lo dispuesto en el artículo 31 de la Ley 2/2003, de 12 de mayo, de Ordenación de los Transportes Urbanos y Metropolitanos de Viajeros en Andalucía; por el Decreto 94/2011, de 19 de abril, por el que se aprueban los Estatutos de la Agencia; por la Ley General de la Hacienda Pública de la Junta de Andalucía, aprobada por Decreto Legislativo 1/2010, de 2 de marzo, y por la demás normativa de aplicación. La Agencia queda adscrita a la Consejería de Fomento y Vivienda de la Junta de Andalucía.