Los orígenes del Museo de Bellas Artes de Sevilla hay que situarlos en las medidas desamortizadoras puestas en marcha por Mendizábal, quien promovió el Real Decreto de 25 de julio de 1835 que ordenaba la exclaustración de ciertos conventos y la recogida de todos los bienes culturales que en ellos se atesoraban.

A propuesta del Jefe político de la provincia hispalense y por Real Orden de 16 de septiembre de 1835, se mandó establecer en Sevilla un Museo Artístico “con todos los objetos dignos de conservarse”. A tal efecto se nombró una comisión llamada “de museo” presidida por el canónigo Don Manuel López Cepero, que instaló la colección en una casa del Barrio de Santa Cruz, por no ser apropiado el excolegio de San Buenaventura, donde desde 1820 se había establecido un museo de pintura y escultura.

Como la citada casa no reunía las debidas condiciones de espacio y seguridad la comisión solicitó el exconvento de San Pablo y el Hospital del Espíritu Santo, aunque debido a varias vicisitudes se pensó instalarlo en el exconvento de la Merced Calzada a lo que al principio no se pudo acceder por ocuparlo la Sociedad Económica de amigos del País y otras entidades.

En 27 de mayo de 1837 se nombró una Comisión presidida por D. José Mª Amor, siendo vocales D. Francisco Pereyra y D. Manuel López Cepero, la cual siguió realizando gestiones encaminadas a conseguir edificio para la instalación del museo, obteniendo al fin la cesión del exconvento de la Merced el 7 de octubre de 1839, teniendo que compartir espacio con la Academia de Bellas Artes, su Escuela de Bellas Artes y la Comisión Provincial de Monumentos Históricos y Artísticos.

En 1849 el Museo de Pinturas es encomendado a la recién creada Real Academia de Bellas Artes de Sevilla, siendo ejercida su gestión por la Academia y la Comisión de Monumentos alternativamente hasta que en 1883 por Real Orden de 24 de abril se le adjudica definitivamente a la primera.

En 1925 se constituye un Patronato, de quien pasa a depender el museo al ser incorporado al Estado y declarado de utilidad pública y en 1967 se integra en el Patronato Nacional de Museos del Ministerio de Educación, denominándose a partir de 1971 Museo de Bellas Artes de Sevilla.

En 1984 mediante el Real Decreto 864/1984, de 29 de febrero se traspasan las funciones y servicios del Estado a la Comunidad Autónoma de Andalucía en materia de cultura, con lo que el Museo de Bellas Artes de Sevilla pasará a ser una institución de gestión autonómica y titularidad en virtud del convenio firmado con el Ministerio de Cultura por Resolución de 14 de diciembre de 1984 y actualizado diez años más tarde.