Igualmente destacable es la presencia de especies en la costa de Almería, con parejas de quince aves acuáticas distintas, y en el litoral onubense, con otras trece especies. Con una menor diversidad (ocho y siete especies, respectivamente) figuran el Golfo de Cádiz y la Reserva Natural Laguna de Fuente de Piedra. Entre el resto del litoral y los humedales andaluces de interior se reparten 23 especies diversas.
Además del incremento general de la población reproductora de estas aves, los programas desarrollados por la Consejería de Medio Ambiente han permitido alcanzar logros como la reproducción del águila pescadora. Esta especie no anidaba en la región desde los años ochenta del siglo pasado; hasta este año, cuando la suelta de ejemplares ha permitido que dos parejas se reproduzcan en las provincias de Cádiz y Huelva.
En 2001 la Consejería de Medio Ambiente puso en marcha el Plan Andaluz de Aves Acuáticas, diseñado para conocer la situación de las poblaciones de este grupo ornitológico. Los censos permiten detectar variaciones en la abundancia y los patrones de distribución interanual de las aves migratorias causados por el cambio climático. Así, las últimas investigaciones están poniendo de manifiesto cambios en las zonas de invernada, sustituyendo algunos humedales africanos por los andaluces. Además, las aves acuáticas son un perfecto bioindicador de la salud ecológica de sus hábitats, por lo que los datos obtenidos en su seguimiento son de gran utilidad en la gestión de estas zonas.