Con respecto a los seis planes para la gestión de la fauna, tres son de recuperación, conservación y manejo: el de aves en humedales, entre las que destacan la malvasía cabeciblanca, la focha moruna, la cerceta pardilla y la espátula; el de aves necrófagas, como el quebrantahuesos, el alimoche, el buitre negro y el milano real; y el de aves esteparias, como el sisón, la avutarda, el aguilucho cenizo y la alondra de Dupont.
Otros dos programas se destinarán a la recuperación, uno del lince ibérico y otro del águila imperial ibérica; mientras que el sexto plan para la gestión de la fauna es el encaminado a la recuperación, conservación y manejo de peces e invertebrados epicontinentales.
En cuanto a la gestión de la flora, destacan el 'Plan de recuperación del pinsapo', el 'Plan de reintroducción, conservación y manejo de la flora de altas cumbres' y, por último, dos programas de recuperación y conservación, uno para los pteridofitos (helechos) y otro para las especies de dunas, arenales costeros y litoral.
La Consejería de Medio Ambiente desarrolla los programas específicos para las especies en coordinación con otros relacionados con el control y eliminación de las posibles causas de amenaza. En este sentido, resalta la importancia de las actuaciones llevadas a cabo desde 2004 dentro del Programa Andaluz para el Control de Especies Exóticas Invasoras, dado el negativo efecto que ejercen para la biodiversidad de la fauna andaluza.
Por otra parte, la Estrategia para la Erradicación del Uso Ilegal de Cebos Envenenados en Andalucía es fundamental para la conservación de las aves amenazadas en la comunidad autónoma. En este sentido, también es fundamental la Red de Centros de Conservación, Recuperación y Reintroducción de Especies Silvestres, en la que se integran ya los Centros de Recuperación de Especies Amenazadas (CREA), varios centros de cría en cautividad, el Centro de Análisis y Diagnóstico de la Fauna Silvestre, en el que se centralizan los trabajos de control genético y sanitario, y la Red Andaluza de Comederos de Aves Carroñeras.
Además, desde el año 2005 está operativo un convenio de colaboración entre la Consejería de Medio Ambiente, Endesa y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) para preservar las áreas prioritarias para las aves, establecidas por la Administración andaluza según el uso del hábitat de la especie, junto a las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA).