El proyecto inicial del centro ha sido modificado para dotarlo de nuevas instalaciones y equipamientos que se correspondan con la trayectoria y experiencia recogidas por la consejería a través del Plan de Conservación y Uso Sostenible de Setas y Trufas de Andalucía (Plan Cussta). A partir de este programa, puesto en marcha en 2001, se ha avanzado mucho en el conocimiento de las setas y las trufas en la comunidad autónoma andaluza.
El Jardín Micológico de Andalucía cuenta con instalaciones dedicadas a la investigación, producción, educación, formación y uso sostenible de las setas y trufas de la comunidad. El principal objetivo es facilitar la gestión de este preciado recurso, consiguiendo su preservación sobre la base de la investigación, educación y promoción de sus valores y usos sostenibles.
Destaca también, entre los mecanismos de conservación de este recurso, el proyecto de decreto de setas y trufas iniciado por la Consejería de Medio Ambiente. Esta nueva normativa pretende ordenar la recolección de estos productos, ya que hasta ahora estaba poco regulada, constituía una actividad poco sostenible y no dejaba un valor añadido en el medio rural.
Entre las principales cuestiones que regulará el decreto está el sistema de precios transparente a través de las lonjas micológicas, lo que va a permitir el incremento de las rentas del medio rural en el que se producen. Estas lonjas garantizarán que la recolección se realice en las épocas adecuadas y que la comercialización se lleve a cabo con el correcto control sanitario.