Este plan, bajo el que se desarrollan y coordinan las actuaciones sobre estos ecosistemas, logró el consenso científico, técnico y social en su redacción, y sus principales instrumentos de gestión son el Comité Andaluz de Humedales y el Inventario de Humedales de Andalucía.
En la actualidad existen hasta 189 zonas húmedas catalogadas dentro de este inventario, de las que un total de 25 (más de 143.000 hectáreas) figuran en la Lista Ramsar de Humedales de Importancia Internacional, y hasta 117 de ellas forman parte del Inventario Español de Zonas Húmedas.
Durante este tiempo se han implantado planes y modelos de gestión para garantizar la conservación de la integridad ecológica de los distintos tipos de humedales andaluces. Entre estas actuaciones destacan los planes de control de exóticas, la recuperación de especies de organismos acuáticos amenazados, estudios del contexto hidrogeológico de los humedales, así como una manual anual de caracterización de la integridad ecológica de estas zonas.
En cuanto a la restauración ecológica de los humedales degradados, en estos años se han ejecutado varios proyectos Life como uno de restauración de humedales andaluces, otro de conservación de hábitats litorales en la provincia de Cádiz, u otro para la restauración y gestión de microhábitats acuáticos en la cuenca mediterránea andaluza y en las lagunas de Zóñar, Medina, Los Tollos, Ruiz Sánchez y Redonda, entre otros.
Asimismo, como proyectos propios de la Consejería de Medio Ambiente destacan la eliminación de carpas en las lagunas de Medina y Taraje, la mejora de los hábitats piscícolas y la erradicación de las poblaciones de trucha arcoiris en ríos de Sierra Nevada, así como la ordenación de los acuíferos sobreexplotados en la zona de la Reserva Natural Laguna de Fuente de Piedra.
Destacan también el programa de seguimiento científico para cumplir con las demandas de información de los distintos programas sectoriales del Plan de Acción de Humedales o la protección legal a los humedales inventariados, reforzando el marco jurídico para facilitar la conservación de su integridad ecológica y promover su uso racional. Para ello existe la figura del 'humedal andaluz', el programa de deslinde de humedales litorales y de vías pecuarias vinculadas a zonas húmedas.