Un grupo de profesores de la Universidad de Jaén y de agentes de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía han recogido muestras de agua para estudiar los microorganismos que habitan en las ricas aguas de la laguna, y han enseñando a los escolares algunas de las especies de fauna que tienen en el humedal su hábitat a través de la observación con prismáticos y telescopios.
La Laguna Honda de Alcaudete ocupa una superficie de 65 hectáreas. Recibe aporte del caudal de un pequeño arroyo, situado en la Sierra de Orbes. Su alto contenido salino favorece el desarrollo del cultivo de secano como las eneas, los juncos y el olivar. En lo relativo a la fauna, los vertebrados son las especies dominantes, acompañados estacionalmente por multitud de aves acuáticas, y se ha convertido en uno de los pocos hábitats de la provincia de la malvasía, un pato que solo reside en aguas muy limpias donde se cultiva un determinado tipo de algas. La buena cubierta vegetal de la laguna la convierte en cobijo de otras especies (cercetas, patos cuchara y, en menor medida, garzas, cigüeñuelas, martinetes).
En el Inventario Andaluz de Humedales se incluyen dieciocho espacios de la provincia de Jaén. De ellos, los más destacados son la Laguna Grande de Baeza y la Laguna del Chinche, incluidas en la lista Ramsar de humedales, y la Laguna de Siles, en el Parque Natural Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas.
Las últimas en incluirse en el inventario andaluz de humedales han sido las de Prados del Moral, Las Navas y Las Casillas y la de Naranjeros y Rumpisacos.