Igualmente importante es la presencia de aves acuáticas en los humedales litorales de Cádiz, Huelva y Almería, donde destaca la alta diversidad de especies. Los censos también han puesto de relieve la capacidad de los humedales de interior, que concentran algo más del 20% de las aves acuáticas, especialmente en la Reserva Natural Laguna de Fuente de Piedra, donde se ha incrementado el número de especies y donde la población invernante de flamenco rosa se han mantenido en un nivel similar al del año anterior, por encima de los 5.000 ejemplares.
En total, 732.152 ejemplares de 103 especies de aves acuáticas han pasado la invernada en los humedales de Andalucía, manteniendo así la tendencia al alza que se viene registrando desde el año 2004.