Los muestreos se realizan en las provincias de Almería, Cádiz, Granada, Huelva y Málaga. Para estos censos se emplean avionetas que sobrevuelan en el mar zonas de mayor profundidad, obteniendo una información de extraordinaria calidad sobre cetáceos vivos que complementa la de varamientos obtenida por el Centro de Recuperación de Especies Marinas Amenazadas (CREMA) de Málaga; la de las redes de voluntarios del litoral; las observaciones en navegación que realizan las embarcaciones de vigilancia; así como la de los diferentes proyectos de investigación y voluntariado de distintas universidades y de la Sociedad Española de Cetáceos.
La metodología escogida supone realizar un esfuerzo pequeño anual para conseguir datos a medio-largo plazo. Se realizan unos 25 vuelos en zig-zag perpendiculares a la costa andaluza a 1.000 pies de altura (unos 300 metros), de forma que se alcance una cota batimétrica profunda para poder localizar los rebaños de cetáceos e intentar su determinación (número, especie, actividad, edad, etc.). Estos vuelos se realizarán todos los años, para así obtener unos datos adecuado a los cetáceos.
Los censos que se llevan a cabo en los primeros meses de verano y durante la primera quincena de octubre permiten observar un alto número de grupos de delfines de pequeño tamaño. Estos grupos suelen estar compuestos por tres especies muy similares en tamaño y forma: el delfín común, delfín listado y delfín mular.
Este tipo de censos es más productivo si las condiciones del mar son apropiadas, así se puede profundizar en el conocimiento de especies de medio y gran tamaño, ya que es más fácil diferenciarlas. Este es el caso del cachalote, un cetáceo de los considerados de gran tamaño (los machos alcanza los 17 ó 18 metros y las hembras los 11 ó 12).
La mayoría de los avistamientos suelen registrarse en el Estrecho de Gibraltar y en Almería, donde se alcanzan grandes profundidades a poca distancia de la costa, ideal para que los cachalotes puedan bajar en sus inmersiones en busca de sus presas.
Igualmente importantes son los avistamientos de orcas registrados en Granada, pues se trata de un grupo de animales difícil de observar. Son cetáceos que rondan los 7 y 9 metros de longitud y cuya coloración es exclusiva entre los cetáceos, básicamente negra, aunque la mayor parte del vientre, la garganta, así como dos manchas ovaladas a ambos lados de la cabeza, son blancas, siendo el límite entre ambos colores muy delimitado y claro.
Censos 2007
Se han realizado trece vuelos en junio y doce vuelos en octubre (seis en Almería, cuatro en Cádiz, cinco en Granada, uno en Huelva y cinco en Málaga), recorriendo más de 8.900 millas, en los que se han contabilizado 107 avistamientos.
Censos 2006
En total se realizaron doce vuelos (tres en Almería, dos en Granada, tres en Málaga, dos en Cádiz y dos en Huelva), en los que se recorrieron 4.977 millas náuticas. De ellas, 3.456 fueron realizadas con esfuerzo de búsqueda. Se contaron 66 avistamientos.