El ministerio portugués se compromete a implementar y poner en marcha, en un plazo máximo de tres años, un programa detallado con al menos un área potencial de reintroducción de linces ibéricos.
Este se llevará a cabo según los criterios que se adopten en el seno de la Comisión Mixta para la Conservación del Lince Ibérico, creada por un acuerdo de cooperación entre España y Portugal, y de la Comisión Multilateral, nacida a partir de un memorando de entendimiento entre el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía, la Consejería de Medio Ambiente y Desarrollo Rural de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha y la Consejería de Industria, Energía y Medio Ambiente de la Junta de Extremadura y, como observador, el Ministerio de Ambiente, Ordenación del Territorio y Desarrollo Regional de Portugal.
Por su parte, el ministerio español y la Junta de Andalucía entregarán una copia del historial de los ejemplares cedidos, debiendo incorporarse en él toda la información que se genere. Asimismo, si el ejemplar es trasladado a otras instalaciones del programa de cría en cautividad, se hará entrega de una copia completa del historial al responsable del centro al que se incorpore y otra copia a la dirección del Plan de Acción para la Cría en Cautividad del ministerio.
Portugal emitirá un informe anual sobre el estado de salud y comportamiento de los ejemplares a lo largo del año, incluyendo los resultados de todas las pruebas realizadas.
En cuanto a las crías que nacieran de estos ejemplares, el Protocolo contempla que quedarán a disposición del Plan de Acción para la Cría en Cautividad, que podrán ser destinadas al programa de cría en cautividad o a proyectos de reintroducción, tanto en España como en Portugal, siguiendo los criterios que se adopten en el seno de la Comisión Multilateral.
Por otro lado, el Comité Técnico-Científico de la Comisión Multilateral establecerá la mejor ubicación de cada uno de los ejemplares de lince ibérico entre los diferentes centros, según criterios genéticos, etológicos y de manejo. Además, informará a la Comisión Multilateral y a la Comisión Mixta, con al menos dos semanas de antelación a que se realice cualquier posible movimiento de ejemplares entre los centros.