El río Guadajoz es tributario del río Guadalquivir por la margen izquierda. Este río tiene una longitud de unos 215 km y drena una cuenca de más de 2.400 km2. Nace en las sierras de Priego de Córdoba, en el límite entre las provincias de Córdoba y Jaén, discurriendo por la comarca Campiña Baja para desembocar en el Guadalquivir a la altura del término municipal de Córdoba. Sus aguas son salobres a partir de la desembocadura del arroyo Salado con este río y van perdiendo salinidad con los aportes de varios tributarios. La ZEC Tramo Inferior del Río Guadajoz se localiza al suroeste de la capital cordobesa. No engloba todo el río, sino que, como su nombre indica, abarca solo la parte inferior del Guadajoz, desde su desembocadura hasta aproximadamente 35 km aguas arriba y tiene una superficie de 480,04 ha.
La formación vegetal está compuesta principalmente de taraje y otras especies ripícolas, en una formación única, como una isla en medio de la campiña casi totalmente desarbolada, que ha dado lugar a una colonia de paseriformes muy importante.
Las especies más relevantes en esta ZEC son los peces, como boga del Guadiana, el calandino, y el barbo. Destaca también la presencia de una especie característica de los ecosistemas fluviales: la nutria que actúa como indicador de buena conservación de las riberas. La población faunística de la ZEC es abundante y variada, con diversidad de especies propias de este medio, como son los invertebrados y los anfibios, además de aves acuáticas como el martín pescador. Además tiene gran importancia como dormidero o lugar de concentración de especies migradoras u otras asociadas a la planta de tratamiento de residuos sólidos de Córdoba.