Más del 95% de la ZEC Río Guadalquivir-Tramo Medio se sitúa en la provincia de Córdoba, incluyendo algunos municipios de Jaén y Sevilla, en concreto Lopera, Marmolejo, Adamuz, Almodovar del Río Bujalance, El Carpio, Córdoba, Fuente Palmera, Hornachuelos. Montoro, Palma del Río, Pedro Abad, Posadas, Villa del Río y Villafranca de Córdoba. Ocupa una superficie cercana a las 2.549 ha. No engloba todo el tramo medio del río Guadalquivir, sino dos partes diferenciadas de este. El primer tramo o sector comienza a 6 km aguas arriba del núcleo urbano de Villa del Río y discurre hasta las Quemadillas en Córdoba capital; y el segundo tramo o sector comienza a 200 m del arroyo de la Huerta de Valdehermoso, en la Alameda del Obispo, y finaliza a 3 km aguas abajo de Peñaflor, dejando libre una zona a la altura del núcleo de población de Córdoba. A la altura de la población de Córdoba, en la zona que se queda libre entre los dos tramos que configuran la ZEC Río Guadalquivir-Tramo Medio, se encuentra el Monumento Natural Sotos de la Albolafia El extremo este de la ZEC se caracteriza por una vegetación riparia de tipo alameda, algunas saucedas y más alejado del cauce olmedas ibéricas orientales. Aguas abajo, esa primera banda de saucedas desaparece dejando paso a las alamedas y tarayales. Más abajo también existen tramos con álamos negros, que aparecen junto a repoblaciones de eucaliptos y otras alamedas con repoblaciones de álamos negros, así como alamedas de álamo blanco También se pueden encontrar olmedas ribereñas de aguas eutrofas que, si no han sido degradadas, suelen presentar una cobertura muy densa, acompañados en ocasiones de álamos blancos. En el estrato arbustivo se presentan zarzamoras y algunas lianas como nueza negra y nueza o nabo del diablo.
Respecto a la fauna, existe una gran biodiversidad. Por un lado, se caracteriza por ser la típica de ribera; aparecen un gran número de especies de aves limícolas y ardeidas, además de diferentes rapaces, muchas de ellas catalogadas como amenazadas. Entre otras especies relevantes que no son de interés comunitario y que merecen especial mención, se encuentra el anfibio sapillo moteado ibérico, considerado como indicador de calidad de las riberas y endemismo ibérico donde el 90% de la población está en Andalucía
Entre las especies características de ecosistemas fluviales destaca la presencia de la nutria así como de algunos anfibios, reptiles, especies de libélulas y un número importantes de peces donde destaca el blenio de río a la altura de Córdoba, y el rutilo, la colmilleja y la pardilla.