La ZEC Estuario del Tinto linda con el Paraje Natural Marismas del Odiel y la ZEC Marismas y Riberas de Tinto, y ocupa casi la totalidad de las aguas interiores del Puerto de Huelva, particularmente el Canal de Navegación para el tráfico de buques que acceden al Puerto, donde se encuentran hasta 25 instalaciones para el atraque de buques entre muelles y pantalanes relacionados con las operaciones de servicio a la industria pesada (sobre todo carga y descarga de petróleo, gas natural licuado, minerales y otros graneles)

Dicho espacio carece de equipamientos de uso público pero se puede contemplar a través del recientemente reacondicionado paseo fluvial de la ría del Odiel, el cual permite orillar su margen izquierda desde el puerto de Huelva hasta el monumento a Colón, ubicado en su encuentro con el río Tinto, levantado en 1929 y dedicado a la Fé Descubridora. De dicho paseo y en el entorno de las antiguas pescaderías, parte el antiguo muelle de mineral de la compañía Rio Tinto que data de 1874. Está declarado como Bien de Interés Cultural (BIC) y actualmente se ha rehabilitado para el uso y disfrute de los ciudadanos. De la misma manera, y en temporadas, existen empresas privadas que realizan rutas navegables por el canal de navegación.

El especial interés del espacio radica en su conformación como estuario. No debemos olvidar que este tipo de hábitat resulta escaso en Andalucía. De hecho, sólo está presente en siete localizaciones en Andalucía. Ello hace que su conservación cobre mayor importancia, ya que los valores de contribución a la red Natura 2000 son muy altos. Así mismo, la conservación de este hábitat también repercutirá en la preservación de un amplio abanico de especies de interés.

Esta singularidad y su colindancia en la margen derecha con el Paraje Natural Marismas del Odiel, le otorga un papel sinérgico, junto con las Marismas del Tinto. Este conjunto de áreas naturales estuarinas de Huelva es propicio para el establecimiento de dormideros y colonias entre la que destacan las de gaviota sombría y la de gaviota patiamarilla. Además, cuenta con la presencia como invernante del fumarel común, todo ello al margen de la posibilidad de observar esporádicamente en la bocana del Canal del Padre Santo especies tan singulares como delfines, e incluso, según algunas citas, la tortuga boba.