La ZEC Río Guadiana Menor-tramo inferior ocupa una superficie de 369,74 hectáreas, distribuidas en los términos municipales de Quesada, Huesa, Peal de Becerro, Hinojares y Úbeda, todos ellos en la provincia de Jaén. La principal función que realiza esta ZEC es la de corredor ecológico, al poner en contacto diferentes ecosistemas y contribuir a la conectividad de la red Natura 2000 y su coherencia. En este sentido, limita con las ZECs Tramo inferior del río Guadalimar y alto Guadalquivir y Sierras de Cazorla, Segura y las Villas. Además, este último espacio contacta con el lugar red Natura 2000 Alto Guadalquivir.

Además de la ya indicada conectividad ecológica, las otras prioridades de conservación identificadas en el plan de gestión de este espacio protegido son algunos hábitats de interés comunitario ligados a medios acuáticos, así como la fauna piscícola presente en el mismo, también de interés comunitario. Entre los hábitats, destaca por la superficie ocupada dentro de la ZEC, el de galerías y matorrales ribereños termomediterráneos. En cuanto a los peces, la información existente no es muy abundante, si bien se han citado las siguientes especies incluidas en la Directiva Habitat: la boga del guadiana, el barbo gitano y el calandino.

Con respecto al resto de fauna, hay que destacar que los ríos y arroyos constituyen un elemento esencial para el mantenimiento y conservación de numerosas especies que utilizan los cursos de agua como refugio, área de campeo y reproducción. En este sentido, cabe mencionar la presencia en este espacio de especies como el búho real, el águila culebrera o el águila calzada.