La denominación dada a esta Zona Especial de Conservación hace referencia al cauce del Río Cala, en el municipio de Estepona, al cual también se le conoce como Arroyo de la Cala. En realidad todo el recorrido que abarca este río se encuentra incluido dentro de alguna figura de protección de la Red Natura 2000, ya que inicialmente forma parte de la Z.E.C. Los Reales de Sierra Bermeja, donde nace al sur del Pico Los Reales, para pasar a continuación a discurrir por terrenos catalogados como Z.E.C. Sierras Bermeja y Real y finalizando más tarde en su propia Z.E.C., que alcanza hasta la misma desembocadura y comprende prácticamente el 70% de la longitud total del cauce. Su régimen hídrico es temporal con partes que se comportan como torrenciales o como zonas con rápidos, y está sujeto a un fuerte estiaje en verano que hace que en las áreas bajas el agua pueda llegar incluso a desaparecer, mientras en época de fuertes lluvias invernales su caudal aumenta considerablemente.

La presencia en un tramo del Arroyo de la Cala de hábitats naturales y de hábitats de especies de los recogidos en la Directiva Comunitaria relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres justificó la inclusión de este espacio en la lista de Lugares de Importancia Comunitaria de la región biogeográfica mediterránea, así como su posterior declaración como Zona Especial de Conservación, ejerciendo un importante papel de conexión ya que une el litoral y el espacio Fondos Marinos de la Bahía de Estepona con las Z.E.C. Sierras Bermeja y Real y Los Reales de Sierra Bermeja, esta última también declarada Z.E.P.A. (zona de especial protección para las aves) y Paraje Natural.

Fundamentalmente la protección de este ecosistema fluvial tiene como objetivo primordial el mantenimiento y la conservación de la población sedentaria de nutria asentada en la mayor parte de las corrientes superficiales que drenan Sierra Bermeja hacia el mar, y entre las cuales se establecen lazos genéticos. Pero no sólo la nutria justifica la protección dada a esta área cuyo eje lo constituye el río. Cabe destacar en la Z.E.C. la existencia en una gran parte de sus riberas de bosques galería a base principalmente de sauces arbustivos en la primera banda de vegetación, más o menos densos y a veces mezclados con adelfas, juncales y zarzales, dando cobertura y abrigo a multitud de especies ligadas al medio hídrico. Son también relevantes las frecuentes formaciones, también en galería, originadas a base de matorrales ribereños termomediterráneos, en los que aparecen especies tanto arbustivas como herbáceas asociadas a adelfares con fuerte estiaje y tarajales muy dispersos con pastizal perenne.

La calidad de las riberas en esta Z.E.C. es variable. En su extremo norte puede ser clasificada como aceptable, siendo de mejor calidad la zona media al estar asimilada a un estado natural (riberas sin alteraciones) que no muestra perturbaciones y con un estado del cauce que se considera también bueno, destacando el uso forestal tanto arbolado como arbustivo con una buena cobertura media. Es la zona con mayor capacidad de acogida de biodiversidad y la de mayor interés ecológico. En el extremo final del río, cerca de la desembocadura, la calidad de ribera desciende debido a una notable degradación tanto del cauce como de la vegetación a él asociada, predominando las áreas con cultivos muy cercanas a las márgenes del río.

El Arroyo de la Cala, en sus tramos de aguas permanentes, da cobijo a otras especies por las que se aplican medidas de protección adicionales y se favoreció su inclusión en la Red Natura 2000. Entre ellas podemos citar al galápago leproso, un reptil común del sur peninsular que se acomoda en las zonas con aguas más profundas y mejor cubiertas de vegetación de ribera, aunque necesitan de áreas descubiertas donde es fácil observar ejemplares asoleándose. Otro vertebrado verdaderamente singular también tenido en cuenta por la Unión Europea en este territorio es el pez conocido como boga del Guadiana, cuya conservación va ligada a la de la propia nutria al servirle de alimento. Conviene poner igualmente de manifiesto que el extremo norte de la Z.E.C. se localiza dentro de una zona de interés para los anfibios.

El uso público más intenso se da en la desembocadura del río, por encontrarse en zona de playa y por tanto estar sometida a la presión propia de un lugar de baño, donde prácticamente no queda rastro de la vegetación natural asociada al cauce. Este hecho le hace adquirir una escasa importancia desde el punto de vista ambiental, aunque no por ello deja de ser Z.E.C., de modo que si haces uso de la playa habrás de comportarte en ella de forma acorde con el estatus de espacio protegido del que disfruta.