Se localiza al noroeste de la provincia de Córdoba. Tiene una superficie de 689,99 ha y discurre por los términos municipales de Fuente Obejuna, Hinojosa del Duque, El Viso, Belalcázar, Valsequillo y Los Blázquez. El río Zújar constituye uno de los principales tributarios del río Guadiana y es el más caudaloso por la margen izquierda. Nace en el cerro de la Calaveruela, junto a la aldea de La Coronada (Fuente Obejuna), en la provincia de Córdoba, en la comarca del Alto Guadiato, tras la unión del regato de los Herreros y el arroyo del Prado. En la mayor parte de su recorrido por tierras andaluzas configura el límite entre las provincias de Córdoba y Badajoz hasta que, en la estación de Belalcázar, pasa definitivamente a Extremadura, donde se une al río Guadalmez y, tras ser regulado en los embalses de La Serena y del Zújar, desemboca en la margen izquierda del río Guadiana, en las Vegas Altas del Guadiana, en las proximidades de Villanueva de la Serena, tras 214 km de recorrido. En general, el régimen hídrico de los ríos de la zona, destacan por su irregularidad con marcados estiajes y fuertes crecidas.
Respecto a la Zona Especial de Conservación, el Río Zújar alberga la práctica totalidad del tramo del río que lleva su nombre y que configura la frontera natural entre las provincias de Córdoba y Badajoz a lo largo de unos 80 km. Del ámbito territorial de esta ZEC se excluyen fundamentalmente los primeros 30 km del cauce del río, pertenecientes al término municipal de Fuente Obejuna, y los últimos 3 km del término municipal de El Viso. La totalidad de la ZEC se configura con el territorio aportado por dos tributarios del río Zújar, en el término municipal de Belalcázar; el arroyo de la Jarilla, de unos 10 km de longitud, y al que se une el arroyo de la Cagancha para dar lugar al arroyo del Malagón, cuyo recorrido total, hasta su unión con el río Zújar, de 17,5 km aproximados, también forma parte de la ZEC. En resumen, la ZEC presenta una longitud total aproximada de 107,5 kilómetros. En cuanto a la vegetación, cuando presentan un buen estado de conservación, se muestra como bosque ripario denso y pluriestratificado. El estrato arbóreo está presidido por los fresnos, pudiendo llegar a alcanzar una cobertura muy alta. En el estrato arbustivo destacan los zarzales y a veces sobre suelos pedregosos son sustituidas por tamujares Entre las especies de flora llaman la atención el trébol de cuatro hojas y el nenúfar blanco. La fauna característica es la típica de ribera, destacando la nutria, el galápago leproso, la boga del Guadiana, el barbo comizo o la pardilla, todas de interés comunitario. También están presentes especies de peces como el pez fraile; diferentes anfibios como el sapillo pintojo ibérico o la subespecie de salamandra que se extiende por Sierra Morena; y aves como el martín pescador y varias rapaces.
La comunidad de peces es significativa en este río con la boga del Guadiana en los tramos con marcada corriente. Otras especies importantes son la colmilleja,el barbo comizo (endemismo ibérico), el calandino, especie también endémica y que se encuentra catalogado como vulnerable; todos ellos sirvieron para catalogar a este río como Lugar de Importancia Comunitaria. También es interesante la presencia del pez fraile, catalogado en la categoría de vulnerable y se incluye en el ámbito de aplicación del Plan de recuperación y conservación de peces e invertebrados de medios acuáticos epicontinentales.