Centros directivos

• Consejera
• Viceconsejería
• S.G. de Agricultura, Ganadería y Alimentación
  • D.G. de la Producción Agrícola y Ganadera
  • D.G. de Industrias, Innovación y Cadena Agroalimentaria
• S.G. de Fondos Europeos al Desarrollo Rural Sostenible
  • D.G. de Ayudas Directas y de Mercados
• S.G. de Medio Ambiente, Agua y Cambio Climático
  • D.G. de Medio Natural, Biodiversidad y Espacios Protegidos
  • D.G. de Calidad Ambiental y Cambio Climático
  • D.G. de Planificación y Recursos Hídricos
  • D.G. de Infraestructuras del Agua
• Secretaría General Técnica
• D.G. de Pesca y Acuicultura
• Delegaciones territoriales

Organismos adscritos

• Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria, Pesquera, Alimentaria y de la Producción Ecológica
• Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía
• Fundación para el Desarrollo Sostenible de Doñana y su Entorno-Doñana 21,Fundación Pública Andaluza
• Fundación Pública Andaluza Centro de las Nuevas Tecnologías del Agua (CENTA)

Órganos colegiados

• Junta Rectora del Parque Natural Montes de Málaga
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra María-Los Vélez
• Junta Rectora del Parque Natural de los Alcornocales
• Consejo Andaluz de la Producción Ecológica
• Comisión Andaluza para la Dehesa
• Consejo Andaluz del Olivar
• Comité Andaluz de Control de Organismos Modificados Genéticamente
• Comité Andaluz de Experimentación Animal
• Comisión Andaluza de Subproductos de Origen Animal no Destinados a Consumo Humano
• Consejo Andaluz de las Organizaciones Interprofesionales Agroalimentarias
• Comité Técnico para la Marca Calidad Certificada
• Comisión Andaluza del Control Lechero Oficial.
• Comisión para la Valoración y Control de los Planes de Reestructuración en los Sectores del Azúcar y del Algodón.
• Comisión de Artesanía Alimentaria en Andalucía
• Consejos Territoriales de Desarrollo Rural
• Comisión de Seguimiento de la Reserva de Pesca en la Desembocadura del Río Guadalquivir
• Consejo Asesor del IFAPA
• Comisión Estadística y Cartográfica
• Unidad Estadística y Cartográfica
• Consejo Andaluz de Medio Ambiente
• Consejo Social del IFAPA
• Consejo Andaluz de Biodiversidad
• Consejo Andaluz del Agua
• Comité Andaluz de Humedales
• Consejos Provinciales de Medio Ambiente y de la Biodiversidad
• Consejo de Participación del Espacio Natural de Doñana
• Consejo de Participación del Espacio Natural de Sierra Nevada
• Consejo Rector de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Comisión de Control de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Comité Consultivo de la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
• Junta Rectora del Parque Natural La Breña y Marismas del Barbate
• Junta Rectora del Parque Natural Bahía de Cádiz
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Cardeña y Montoro
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Hornachuelos
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Baza
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Castril
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Huétor
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Aracena y Picos de Aroche
• Junta Rectora del Parque Natural de Despeñaperros
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Andújar
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra Magina
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de las Nieves
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra Norte de Sevilla
• Junta Rectora del Parque Natural Cabo de Gata Níjar
• Junta Rectora del Parque Natural Sierra de Grazalema
• Junta Rectora del Parque Natural Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas
• Junta Rectora del Parque Natural Sierras Subbéticas
• Junta Rectora del Parque Natural Sierras de Tejeda, Almijara y Alhama
• Junta Rectora del Parque Natural del Estrecho
• Patronato del Odiel
• Patronato de la reserva Integral de la Laguna de Fuente de Piedra
• Patronato de las Reservas Integrales de las zonas húmedas del sur de Córdoba
• Patronato de las Reservas integrales de doce lagunas en la provincia de Cádiz
• Comité de Reservas de la Biosfera de Andalucía
• Comisión de Homologación de Trofeos de Caza de Andalucía
• Comisión para la coordinación en materia de residuos
• Comisión de Participación en la Ordenación y Gestión del Litoral
• Observatorio del Agua de Andalucía
• Comisión de Autoridades Competentes de las Demarcaciones Hidrográficas de las Cuencas Mediterráneas Andaluzas, Guadalete y Barbate y Tinto, Odiel y Piedras
• Comité de Seguridad de la Información
• Comisión de Transparencia
• Consejo Asesor Pesquero de Andalucía