La Dirección Gerencia es el órgano ejecutivo de la Agencia. El Director Gerente tendrá  a su cargo la gestión ordinaria de las actividades de la Agencia. En el ámbito de sus competencias, le corresponden las siguientes funciones:
a) Cumplir los acuerdos del Consejo Rector y adoptar las resoluciones precisas para la ejecución de los mismos.
b) Elevar al Consejo Rector las propuestas que tengan que ser sometidas a su aprobación o conocimiento, a tenor de lo dispuesto en los Estatutos.
c) Organizar y ejercer la dirección y coordinación de las unidades o puestos dependientes de la Dirección Gerencia.
d) Dirigir, impulsar, orientar, coordinar e inspeccionar los proyectos y servicios de la Agencia, dictando las instrucciones y órdenes de servicio relativas al funcionamiento o a la organización interna de las mismas, sin perjuicio de las competencias
del Consejo Rector y de las atribuidas a otros órganos.
e) Dictar las resoluciones de los procedimientos administrativos que no sean competencia de otros órganos.
f) Gestionar el patrimonio y administrar los recursos económicos de la Agencia.
g) Proponer al Consejo Rector el anteproyecto anual de presupuesto.
h) Elaborar y proponer al Consejo Rector el anteproyecto de contrato plurianual de gestión y el plan anual de actuación.
i) Proponer al Consejo Rector para su aprobación el organigrama funcional de la Agencia y sus modificaciones.
j) Autorizar los gastos, efectuar las disposiciones, contraer obligaciones y ordenar pagos sin perjuicio de las competencias
y funciones que en esta materia se atribuyen al Consejo Rector en el artículo 13 de los Estatutos de la Agencia.
k) Actuar como órgano de contratación de la Agencia y celebrar en su nombre los contratos, y suscribir los convenios y encomiendas de gestión, dando cuenta al Consejo Rector, que sean necesarios para el cumplimiento de los fines de la Agencia, compareciendo, en su caso, ante Notario para la elevación a escritura pública de los mismos.
l) Ejercer la jefatura en los asuntos relativos a régimen interno y del personal y proponer a la Presidencia el nombramiento del personal laboral en los supuestos que establezca el Convenio Colectivo de aplicación, sin perjuicio de las funciones que puedan ser atribuidas a otros órganos por el correspondiente Decreto de Estructura Orgánica de la Consejería a la que se encuentra adscrita.
m) Formular las cuentas anuales de la Agencia.
n) Ostentar la representación de la Agencia y en todo tipo de actuaciones públicas o privadas, sin perjuicio de la superior
representación que corresponde a la Presidencia.
ñ) Ejercitar acciones civiles y penales, y presentar toda clase de recursos administrativos y jurisdiccionales en defensa
de los intereses de la Agencia, cuando por razones de urgencia justificada no pueda dilatarse el ejercicio de la acción o la
presentación del recurso hasta que se produzca el acuerdo del Consejo Rector, dando cuenta al mismo en la primera reunión
que se celebre.
o) Proponer al Consejo Rector cuantas iniciativas vayan encaminadas a un mejor cumplimiento de los fines de la Agencia.
p) Fijar los criterios para la evaluación del desempeño del personal al servicio de la Agencia y la correspondiente distribución
de los conceptos retributivos asignados a la remuneración de los incentivos al rendimiento legalmente previstos, dentro de las previsiones establecidas por el presupuesto de la Agencia y conforme a los criterios recogidos en el contrato de gestión.

q) Proponer a la Presidencia la aprobación de la carta de servicios y derechos de la Agencia, así como su gestión y seguimiento.

r) Cualesquiera otras funciones que el Consejo Rector le atribuya o delegue.