A finales de los años ochenta comienza una labor de recuperación de la documentación originada por las Comisiones Obreras en Andalucía durante el régimen del dictador Francisco Franco y de la transición española.
En este sentido, se fue solicitando documentación tanto a los militantes históricos, como a los responsables de Uniones Provinciales, Sindicatos y Federaciones. En 1992 se crea formalmente el Archivo Histórico de CCOO de Andalucía, y a mediados de la década de los noventa los objetivos iniciales quedan ampliamente superados por las continuas entregas de documentos, tanto de particulares, como de otras organizaciones y movimientos sociales, hasta completar unos fondos de gran valor histórico y cultural. En el Archivo se conservan fondos de los sindicatos y partidos políticos que existieron durante el Franquismo y la Transición Democrática, fondos de órganos de representación obrera en las empresas, de asesorías y abogados laboralistas y de empresas privadas.
Desde 1994, mediante Orden del 4 de julio de 1994, (BOJA núm. 126 10 de agosto de 1994) el Archivo Histórico de CCOO de Andalucía quedó integrado en el Sistema Andaluz de Archivos.
El Archivo Histórico de CCOO de Andalucía se ha convertido en un referente para cualquier investigación que se realice sobre los periodos históricos mencionados; en este sentido, son ya muchas las investigaciones, exposiciones, producciones audiovisuales, etc. en las que se han utilizado los fondos que custodia.
A lo largo de estos años, muchas de las organizaciones que conforman las CCOO de Andalucía: Uniones Provinciales, Federaciones, Sindicatos, Secciones Sindicales han ido transfiriendo sus fondos documentales al Archivo. Esta ingente documentación se ha ido clasificando e inventariando, facilitando así su consulta y convirtiendo el Archivo Histórico de CCOO de Andalucía en uno de los más importantes archivos de su categoría. Sin embargo, aún quedan organizaciones que no han transferido sus fondos, originando un vacío en el conocimiento general de las luchas obreras y un perjuicio al conocimiento de los conflictos generados en esas provincias y en sectores cuyas organizaciones retrasan la entrega de sus documentos. Este trabajo, sin duda, será un reto para el futuro, de forma que en los próximos años uno de los objetivos será completar las transferencias de todas las organizaciones de CCOO de Andalucía. Junto a ello, se hace necesario actuar con respecto a la documentación “reciente” pues, en un futuro no muy lejano, adquirirá un gran valor histórico. En este sentido, el Archivo Histórico deberá hacer un plan de trabajo integral para que todas las organizaciones de CCOO de Andalucía transfieran su documentación de forma periódica.
Se hace necesario un nuevo impulso en la concentración de la documentación para atender mejor, en primer lugar, las necesidades de la propia institución, pero también de los investigadores, de los medios de comunicación y de la sociedad en general, que cada vez mas lo están demandando para la recuperación de la memoria histórica.
Uno de los objetivos primordiales de la Fundación de Estudios Sindicales-Archivo Histórico es la de recuperar, conservar y difundir la memoria de Comisiones Obreras en Andalucía, en particular, y de los movimientos sociales andaluces, en general. Por ello, la Fundación se marcó como objetivo disponer de un local que reuniese las mejores condiciones de espacio, seguridad y accesibilidad para la documentación. Esto se consiguió en el año 2002 con la instalación del depósito del Archivo en el nuevo local de Japón 41. No obstante, consideramos que el Archivo Histórico de CCOO de Andalucía ha adquirido unas proporciones y una riqueza histórica que debiera ser reubicado, para mayor seguridad y posibilidades de uso, en un edificio especialmente diseñado para ello. Esta cuestión deberá ser un objetivo alcanzable en los próximos años.