El Museo de Almería contiene importantes y variados fondos arqueológicos, en su mayor parte procedentes de diversos yacimientos de la provincia de Almería. Cronológicamente abarcan desde los primeros pobladores, (el yacimiento más antiguo de la provincia del que se conservan restos de ocupación humana data del Paleolítico Medio, Cueva de Zájara), hasta la actualidad.

El núcleo principal proviene de la antigua colección de D. Juan Cuadrado, adquirida por la Excma. Diputación Provincial, acrecentado por las diversas entregas, depósitos y donaciones de particulares, así como por las numerosas excavaciones arqueológicas que a lo largo de los años se han venido realizando.

El Museo cuenta también con una amplia colección de etnografía: cerámica popular, trajes regionales, armas, elementos de esparto, etc. Sin embargo, en la nueva concepción expositiva, se ha optado por presentar en el área de exposición permanente, un discurso singular y especializado en dos momentos culturales que distinguen a nuestra provincia almeriense: las culturas de Millares y El Argar.