El sistema operativo instalado en los ultraportátiles del Proyecto Escuela TIC 2.0 es Guadalinex Edu. La diferencia con la versión del sistema operativo instalado en el resto de equipos de dotación es que el sistema no solicita un usuario y contraseña al inicio de sesión (autologin) y que incluye dos aplicaciones más:

- Creación de usuarios personales
- Filtrado de contenidos

Obs: Actualmente no es posible la eliminación de usuarios personales sin intervención directa del CGA. Si se crea algún usuario en el sistema, el autologin se deshabilita automáticamente mostrando la pantalla de login en el inicio, tal y como ocurre en el resto de equipos de la dotación. Tras crear un usuario personal en el sistema se podrá acceder  mediante el nuevo usuario creado o con el usuario por defecto de Guadalinex Edu (login: usuario, contraseña: usuario).