La Agencia Andaluza del Conocimiento, a través de su departamento de Estudios y Prospectiva, realiza un seguimiento de las políticas públicas de I+D+I a través de la elaboración de indicadores e informes que aportan transparencia al proceso de rendición de cuentas públicas, a la vez que sirven de apoyo para la planificación eficiente y reorientación del modelo productivo andaluz hacia una economía sostenible e innovadora basada en el conocimiento y la investigación.
Desde 2014, está integrada en el Sistema Estadístico y Cartográfico de Andalucía gracias a la creación de una Unidad Estadística y Cartográfica propia. Esta integración supone un reconocimiento del papel de la Agencia como una de las entidades capacitadas para la producción de información estadística relacionada con la I+D+I dentro del Sistema Andaluz del Conocimiento.